Fellebbezést nyújtott be az Országos Környezetvédelmi és Természetvédelmi Főfelügyelőséghez Paks II környezetvédelmi engedélye ellen a Greenpeace Magyarország és az Energiaklub. A két civil szervezet szerint súlyos felelőtlenség volt, hogy a hatóság kiadta az engedélyt a tervezett új erőműnek, mert a szervezetek szerint  az engedélyt megalapozó környezetvédelmi hatástanulmányban kirívóan jogsértő részeket és hiányosságok vannak. 

A Greenpeace és az Energiaklub szerint a hatóságok által megfogalmazott követelmények sok esetben nem számonkérhetőek, például nincsenek egyértelmű előírások a Paks II leszerelésére, leállítására, felhagyására vonatkozóan. A Paks II beruházás környezetvédelmi hatástanulmánya emellett a civilek szerint nem ad egyértelmű választ arra, hogy  

• mihez kezdene az erőmű a nukleáris hulladékkal és a kiégett fűtőelemekkel,
• az erőmű hőtermelése hogy nem fogja a megengedett szint fölé melegíteni a Duna vizét, ezzel veszélyeztetve a folyó élővilágát,
• vagy hogy hogyan lennének megelőzhetőek az emberi hibára vagy szándékos károkozásra visszavezethető balesetek.

A szervezetek szerint a hatástanulmány alapján nem lett volna szabad megadni az engedélyeket. A Greenpeace és az Energiaklub közös közleménye szerint pedig "az atomerőmű bővítése teljesen feleslegessé válna, ha a kormány elkezdené fejleszteni a biztonságos, tiszta és versenyképes megújuló energiaforrások hálózatát, mely Magyarország orosz energiafüggőségét is csökkenteni tudná".