A CIA módszereit nem a spontán brutalitás szülte, hanem pszichológusok segítségével dolgozták ki azokat. Az alkalmazott technikák célja az volt, hogy a rabokat elbizonytalanítsák, megtörjék, és kihallgatóikra később mint megmentőkre tekintsenek. A most nyilvánosságra hozott jelentés a következő technikákról számol be.
Vízbefojtás (Waterboarding): A foglyot egy deszkára kötötték, arcára rongyot helyeztek, amelyet vízzel locsoltak. A locsolást 40 másodpercenként megszakították, hogy a fogoly levegőhöz jusson. A vallomások fulladásközeli állapotról számoltak be. A szeptember 11-i merényletek egyik kitervelője, Kalid Sejket 183-szor vetették alá ennek a vallatásnak.
Koporsóba zárás: A foglyot olyan szűk dobozba zárták, hogy mozdulni se tudjon. A beszámolók szerint a rabok elvesztették időérzéküket, nem tudták, mennyi ideig voltak a dobozba zárva. Feltételezhető, hogy többször el is ájultak.
Kihűtés: A rabot hideg vízbe merítik a vallatás ideje alatt. Egyes esetekben a fogva tartottat meztelenre vetkőztették, fóliába csavarták, úgy merítették vízbe, hogy a hideg víz sokáig hűtse a testét. Gul Rahman 2002-ben a cellájában meghalt, amikor a hidegvizes fürdetés után félmeztelenül cellája padlójához láncolták éjszakára, miközben a hőmérséklet két fok körüli volt.
Kikötözés: A leggyakoribb módszer szerint a rabot fejjel lefelé lógatták fel, és néha napokig is így tartották őket. Volt, hogy a raboknak ebben a pozícióban kellett üríteniük. A vizeletet és fekáliát hosszú ideig nem tisztították le róluk. Egyes esetekben a rabot állva, a mennyezethez láncolt kézzel kötötték ki. A kikötözést egyeseken akár hónapokon át is alkalmazták.
Alvásmegvonás: Ez a módszer volt a kínzások leggyakrabban használt eleme. Az alvásmegvonással olyan pszichotikus állapotba akarták juttatni a rabokat, ahol már nem urai önmaguknak. A CIA engedélyt kapott arra, hogy akár 180 óráig, azaz másfél hétig alvás nélkül tartsák a vallatottakat. A gyakorlatban azonban 96 óra volt a leghosszabb alvásmegvonási idő. A rabokat ilyen esetekben kikötötték, és ha elaludtak, akkor vizet locsoltak rájuk, hogy felkeljenek. Az alvásmegvonást a következő pontban ismertetett zajhatásokkal is kombinálták.
Zaj: Visszatérő kínzási módszernek számított a szörnyű hanghatásokkal súlyosbított magánzárka. Volt, akit napokig fülsüketítő fehér zajjal kínoztak, és megbilincselték a kezeit, hogy ne tudják befogni a fülét. Másokat horrorfilmekből ismert kacagással vagy sírással, illetve túl hangos rap- és metálzenével kínoztak.
A kikötözés mellett az erős hanghatások egyik célja az volt, hogy a foglyok ne tudjanak aludni. Az egyik fogoly azt mondta, hogy amikor hanghatásokkal kínozták, az rosszabb volt, mint amikor a marokkói titkosrendőrség vallatta. Marokkóban borotvapengékkel vagdosták a bőrét.
Meztelenség: A CIA ezen technikája nem a konkrét információszerzést szolgálja, hanem hogy a foglyok elveszettnek érezzék magukat. Több rab is elmondta, hogy napokig, hetekig, vagy akár hónapokig meztelenül tartották őket, és ez alatt rendszeresen női vallatókhoz vitték kihallgatásra. Az együttműködő rabokat ruhájuk visszaadásával jutalmazták.
Táplálékmegvonás: A szabályok szerint a foglyokat tilos éheztetni, a fogság alatt testsúlyuk legfeljebb 10 százalékát veszthetik el. Egyes foglyoknál azonban a tápanyagot íztelen, mesterséges alapanyagokból álló, folyékony táplálék formájában adták. A CIA szerint az ingerek megvonása fokozza az alvásmegvonás hatásait.
Verés: A rabok elmondása szerint az ütlegelés leginkább elfogásukat követő időben volt jellemző. A kihallgatások során speciális falat is alkalmaztak, ami erős hangot adott, ha nekiverték a rabot. Így keltettek olyan érzést, mintha az ütés jóval erősebb lett volna, komoly sérüléseket okozva.
2006 őszén elnöki utasításra bezárták az Amerikán kívüli titkos CIA börtönöket. Sok fogoly akkor már éveket töltött valamelyikben. Összesen mintegy 100 embert tarthattak fogva bennük. A rabok nagy részét Guantanamóra szállították.
Jogi védelem illetve bírósági tárgyalás az ottani fogylokat sem illette meg. Több amerikai ügynök arra panaszkodott, hogy nem tudnak mit kezdeni az évek óta raboskodó foglyokkal. "Ezek az emberek már teljesen kikészültek. Normális bíróság valószínűleg nem tudna rájuk bizonyítani semmit, főleg ennyi év után. Jobb lett volna kivégezni őket" - nyilatkozták.
Obama be akarta záratni a börtönt, de a kongresszus tiltakozása miatt ezt nem tudta elérni. Jelenleg 136 rabot tartanak fogva.