Egy kutatócsoport a csokoládé genomjának feltárásával foglalkozik. Juan C. Motamayor, aki a Mars élelmiszervállalatnak dolgozik, a Genome Biology folyóiratban közzétett tanulmányban írt a projektről; ennek célja, hogy a kakaó genomjának megismerésével magasabb terméshozamú kakaót állítson elő, aminek az íze is jobb, mint a hagyományos kakaóé.

A szekvenálás során a kutatók egy Costa Ricában termesztett kakaófajt, a Theobroma cacao L. cultivar Matina 1-6-ot vizsgálták, ami a világ egyik legnépszerűbb kakaófajtája. A kutatócsoport mostanra sikeresen elkülönítette a kakaó színét meghatározó géneket, és megállapították, hogy egy betűnyi változtatás is befolyásolhatja a növény színét. A csoport most azzal foglalkozik, hogy elkülönítse az ízt és a minőséget befolyásoló genetikai markereket.

A genetikai markerek vizsgálatával és megismerésével a terméshozamon is javítani lehet. Ha ezeket is sikerül meghatározni, a farmerek sok időt spórolhatnak meg azzal, hogy a nem megfelelő genetikai struktúrájú növények termesztésével nem foglalkoznak, így idővel csak a legjobb minőségű kakaót termelhetnék. A munkát némileg megnehezíti, hogy a vizsgált növényfajtának 445 mega bázispárja van, ami jóval magasabb, mint más kakaófajtáké.