A Habsburg-átokból, a fizikai és idegrendszeri gyengeségből Ferenc József számba jöhető utódainak is kijutott. Egyetlen fia, Rudolf (1858–1889) egy birodalom trónörököséhez egyáltalán nem méltó életének alig harmincévesen vetett véget. A következő trónörökös, a császár idősebbik öccse, Károly Lajos (1833–1896) – aki nem mellesleg ugyancsak nem nagyon mutatott fel uralkodói erényeket – egy banális fertőzés következtében hunyt el idő előtt; ifjabbik öccsét, Lajos Viktort (1842–1919) pedig botrányos életmódja és tökéletes alkalmatlansága miatt a császári família szabályosan ki is tagadta az öröklésből. Így lépett legelőre az öröklési rendben Károly Lajos fia, I. Ferenc József unokaöccse.

A betegségekre való hajlam őt sem kímélte. Katonai pályáját többször is meg kellett szakítania visszatérő tüdőbaja miatt, és 1892-től a trónörökösségig gyakorlatilag minden idejét egészségügyi kúrával töltötte. Orvosi tanácsra hosszabb világ körüli utazást tett, amelynek tapasztalatait Világ körüli utam naplója címmel közzé is tette. A teleket pedig rendszeresen mediterrán gyógyfürdőkben töltötte.

Ferenc Ferdinánd 1896. március 19-én lett a birodalom trónörököse. A császár ekkor már közeledett a hetvenhez, de a visszavonulásnak, a lemondásnak a gondolata sem merült fel benne. Nemcsak munkamániás természete miatt, hanem azért sem, mert ő is tisztában volt azzal, amit szinte a Monarchia egésze osztott: személye a Monarchia alappillére, nélküle az amúgy rendkívül ingatag szerkezet az összeomlás szélére zuhanna.

Ferenc Ferdinándnak sem volt könnyű természete. Ridegsége, bizalmatlansága, örökös borússága, összeférhetetlensége folytán – jóindulatú kortársai fiatalkora óta őt kísérő betegségeivel indokolták rossz természetét – fölöttébb népszerűtlen volt az udvarban, és a császárral való rendszeresebb kapcsolat nemhogy javított volna hűvös viszonyukon, hanem tovább növelte közöttük a távolságot, amelyet azután a házassága körüli hosszas civakodás végleg elmélyített. A császári család eredménytelenül próbálta lebeszélni ugyanis a Chotek Zsófia cseh grófnővel szövődő kapcsolatáról – először Rudolf özvegyével, Stefánia belga hercegnővel (1864–1945), majd a saját sógornőjével, Matilda szász királyi hercegnővel kötendő házasságra akarták rávenni, ám ő kitartott a rangon aluli házasság mellett. Ferenc József kétéves huzavona után, 1900-ban azzal a feltétellel engedélyezte a morganatikus házasság megkötését, hogy asszonya nem viselheti a „jövendő császárné” címet, és a titkos tanácsok gyülekezete előtt esküt tesz arra, hogy lemond a házasságból születendő gyermekei trónöröklési jogairól. (A magyar jog nem ismerte a morganatikus házasság fogalmát, a törvényhozásnak ezért külön törvényt kellett alkotnia a trónörökös esküjének a magyar alkotmányba való beillesztéséről.)

Gyűlölte a kiegyezést és a demokráciát

Rudolf koronaherceggel ellentétben Ferenc Ferdinándnak kiforrott politikai nézetei voltak, és tudatosan felépített tervei arra, hogy II. Ferenc császárként hogyan fogja felszámolni Ferenc József Ausztria–Magyarországát. Egy későbbi történészi jellemzés szerint „politikai meggyőződésének három sarkalatos pontja a klerikalizmus, az antidemokratizmus és a magyarellenesség volt. Világnézetének alapját olyan, a 17–18. században is túlhaladott nézetek alkották, hogy a politika az uralkodó dolga, a népeké, a tömegeké pedig az engedelmesség.”

Úgy, ahogy volt, elvetendőnek tartotta a kiegyezést és a ráépülő dualista államberendezkedést – ily módon Ferenc József egész rendszerét, amely véleménye szerint a magyarok túlhatalmának intézményesítése volt. Andrássy Gyula külügyminiszterben és Tisza Istvánban az akár katonai erővel is megsemmisítendő magyar függetlenség képviselőit látta, és minden kérdésben negligálni próbálta őket, mivel már a közeli jövőre nézve egy háromközpontú Monarchiával számolt.

A trialista államberendezkedés megalkotása ugyan fő célja volt, azt azonban még függőben hagyta, hogy a harmadik centrumba a délszlávok, a lengyelek, avagy a csehek kerüljenek. Bizalmasai körében nagy szerepük volt a nemzetiségi függetlenségi mozgalmak vezetőinek, így Alexandru Vaida-Voevod román, Milan Hodža szlovák politikusnak és a cseh Ottokar Theobald Czernin grófnak. Ferenc Ferdinánd legközelebbi magyar híve az általános választójog magyarországi bevezetéséért küzdő Kristóffy József korábbi magyar belügyminiszter volt.

A trónörököstől kevés eszme állt távolabb, mint a demokrácia, az általános választójogot csakis azért támogatta, hogy destabilizálja a Monarchia keleti országát, legfőképpen pedig megtörje az általa mélyen gyűlölt magyar uralkodó osztályt.

A császár ügyelt arra, hogy minél kevesebb jogkört adjon át unokaöccsének. Ennek ellenére – minthogy bármely percben trónra kerülhetett – befolyása igen nagy volt. A bécsi palotája után „Belvedere-körnek” nevezett tanácsadói testület és az 1908-ban létrehozott „kis katonai hivatal” a fiatal Alexander Brosch von Aarenau őrnagy vezetésével jelentős politikai központtá nőtt, és erőteljesen támogatta a Monarchia háborúpárti irányzatát.

A trónörökösnek oroszlánrésze volt abban, hogy Ferenc József azt a Franz Conrad von Hötzendorfot nevezte ki vezérkari főnöknek, aki a legnagyobb ellenfele volt a Monarchia nem német nemzetiségeinek és harcosan háborúpártinak ismerték. Minthogy a létrehozandó trializmusban Horvátország, Bosznia-Hercegovina és Dalmácia egyetlen egységet képezett volna, ami szöges ellentétben állt a fiatal szerb állam érdekeivel, Belgrádban a fő kohéziós erőt az Ausztria–Magyarországgal és a Habsburgokkal szembeni fékezetlen gyűlölet jelentette. Amely százszámra nevelte ki a Gavrilo Principeket.