Az SZDSZ-es Molnár Lajos nem egészen tíz hónapnyi miniszterkedés után 2007 áprilisában mondott le posztjáról. Lemondásának körülményei máig nem ismertek, miután távozása után senkinek nem adott interjút. Azóta SZDSZ-es képviselő.

A 2006. június 9-én hivatalba lépő miniszter nem egészen öt hónap alatt öt reformtörvényt dolgozott ki. A Molnár Lajos által kezdeményezett reformok óriási vitákat váltottak ki a nyilvánosságban, az orvosok, a gyógyszerészek, a gyógyszergyártók körében, de még az MSZP-SZDSZ koalíción belül is. 2007-ben távozását hivatalosan azzal indokolta, hogy személyesen nem tudta elfogadni a több-biztosítós rendszer bevezetéséről szóló döntés halogatását. Az egészségbiztosítás átalakításáról az MSZP és az SZDSZ nem tudott dűlőre jutni egymással Horváth Ágnes minisztersége alatt sem. Az elvesztett vizitdíjas népszavazás után ez a koalíció felbomlásához is vezetett.

Molnár Lajos most megjelenő könyvében távozásáról azt írja, hogy 2007 februárjában megkereste az akkor már az MSZP-elnökké is választott Gyurcsány Ferencet az egészségbiztosítási törvény ügyében. Gyurcsány itt azt mondta, hogy március 15. előtt semmiképpen nem szeretne ezzel foglalkozni, mivel tartanak az október 23-i utcai zavargások megismétlődésétől, és nem szeretne ehhez okot szolgáltatni, olvasható a könyvben.

„Ha balhé lesz, nem ezért lesz” – válaszolta erre Molnár Lajos, aki azonnal koalíciós egyeztetést kért.  "A két párt vezetői előtt végső kínomban azt mondtam, hogy a biztosító ügye már kabarévá vált. Szállóigévé vált Kazal László, a hetvenes évekig igen népszerű kabarészínész egy jelenetének a visszatérő poénja, amit elmondtam: A szocializmus jó dolog, de sűrű ködben, késő este a körúton a fröccsre szomjazónak nem jó. A biztosítási reform jó dolog, de karácsony, pártértekezlet, nemzeti ünnep előtt nem jó", írja könyvében Molnár Lajos, aki még hozzáteszi: "a békés, egybiztosítós tüntetők több-biztosítós törvény nélkül is szétverték a belvárost".

Molnár könyvében feleleveníti azt is, amikor 2007. március 15-én egy hirtelen ötlettől vezérelve, a Nemzeti Múzeum irányába tartó állami autókonvojból kitérve, virágot akart elhelyezni Batthyány Lajos szobránál, akit "minden magyar miniszterelnökének" és "minden miniszter jelképes főnökének" tart. Amikor a Batthyány örökmécsesnél ki akart szállni autójából, azonnal tömeg vette körül. "Hozzám ugrott és visszalökött a kocsiba egy gyászruhás nagyothalló, ahogy a mindig sötét öltönyben, fülhallgatóval járó biztonsági embereket nevezem. Húzzon el innen miniszter úr, mert tíz másodperc múlva felkoncolják velünk együtt – mondta".

Molnár Lajos könyvében még megjegyzi: "Az eset utáni napon Gyurcsány megszólt: Ne veresd meg magad! Azt akkor már éreztem, hogy sem hőst, sem mártírt nem szeretne belőlem csinálni."