A CEU szerint az Emberi Erőforrások Minisztériuma megtéveszti a közvéleményt a felsőoktatási törvény módosításával kapcsolatban, a CEU-ról, illetve a Közép-európai Egyetemről szóló nyilatkozata "számos csúsztatást és tévedést tartalmaz" - írja az MTI. 

Az egyetem szerdai közleményében arra reagált, hogy az Emmi tegnap azzal vádolta a CEU-t, hogy az elmúlt napokban folyamatosan megtévesztette a közvéleményt, beleértve nemzetközi tekintélyű tudósokat és szervezeteket.

Az Emmi állításaira a következőket reagálta az egyetem:

• A minisztérium szerint a parlament által elfogadott törvénymódosítás nem érinti a Közép-európai Egyetemet. Ez szerintük nem felel meg a valóságnak, a módosításnak a névhasonlóságra vonatkozó passzusából következik, hogy meg kellene változtatni a Közép-európai Egyetem nevet.
• Az Emmi szerint a CEU tovább működhet, amint a két ország ezt elvi szinten nemzetközi megállapodásban támogatja. A CEU szerint az elvi nyilatkozat csak egyike a sok új feltételnek, amelynek teljesülnie kell ahhoz, hogy az egyetem tovább működhessen, ami jelenleg lehetetlennek tűnik, illetve nagyon kicsi az esélye, hogy a kormány feltételei az év vége előtt teljesülhetnek. Ezért szerintük az új jogszabály gyakorlatilag bezárásra kényszeríti a CEU-t.
• A minisztérium szerint az egyetem privilégiumokat élvezett, mivel "úgy adhatott ki kétféle - magyar és amerikai - diplomát, hogy csak egy képzést kellett a hallgatóknak elvégezniük. Az egyetem ezt is cáfolja, hallgatóik többsége csak egy, amerikai fokozatot szerez, 29 százalékuk kapja meg az amerikai és a magyar fokozatot is, nekik ezért a magyar akkreditáltságú programokban is részt kell venniük, és pluszfeladatokat elvégezniük. 
• Azzal kapcsolatban, hogy ez Soros Györgynek "jó üzlet volt", úgy reagáltak: a diákok nem üzletet jelentenek az egyetemnek, és különösen nem az alapítónak, hanem költséget, a rájuk fordított összeg sokszorosan meghaladja a tandíjat, amelyből az alapító természetesen sehogyan sem részesül.  Az "előnyért", hogy amerikai diplomát is kiad, az egyetemnek amerikai akkreditációs elvárásoknak kellett és kell folyamatosan megfelelnie.
• Az Emmi szerint Soros György 2005-ös levele privilégiumok kérésére irányult - idézte fel a CEU. Soros György az egyetem akkori igazgatótanácsának elnökeként levelében azt kérte, maradjon hatályban az egyetemet létrehozó 2004-es törvény, annak ellenére, hogy tartalma beépült a felsőoktatási törvénybe. Úgy látta ugyanis, fontos, hogy a 2004-es törvény preambuluma "rávilágított a törvényhozók eredeti céljára". A kérést nem vették figyelembe, és 2010-ben hatályát vesztette a 2004-es törvény.
• Az sem felel meg az egyetem szerint a valóságnak, hogy a CEU az "Oktatási Hivatal engedélyére való hivatkozás esetében is lebukott, és módosítania kellett saját korábbi nyilatkozatát", mert hivatkozásuk a tényeknek megfelelő volt, csak azért pontosították, és nem módosították, hogy a nyilvánosságnak egyértelmű legyen, a hivatal nem közvetlenül a miniszterelnök aznapi "hamis állításaira" reagált.