Ahogy arról az Index is beszámolt, Freund Tamás, a Magyar Tudományos Akadémia elnöke múlt héten írt levelet Palkovics Lászlónak, amelyben sérelmezi, hogy Palkovics megváltoztatta a Nemzeti Kutatási, Fejlesztési és Innovációs Hivatal szakértői testületek által felállított rangsorát, átírta a szakmai zsűri javaslatát a támogatásra érdemes kutatói pályázatokról. Az MTA elnöke keményen bírálta Palkovics Lászlót, de levélben meghívta az Akadémiára egy ebédre Palkovicsot, hogy személyesen beszéljenek az ügyről. 

Palkovics László válaszlevele eljutott az atv.hu szerkesztőségéhez is. E szerint a miniszter köszöni szépen az ebédmeghívását, ugyanakkor

hasznosabbnak látná azt követően, ha az együttműködés érdemi kezdeményezései – akár például a Bolyai-pályázatok, akár az EISZ finanszírozása kapcsán – az MTA oldaláról megtörténnének, különösképpen az elmúlt, feszültségekkel terhelt időszak tükrében.

Levelében Palkovics mindenekelőtt az Eötvös Loránd Kutatási Hálózat intézményei számára biztosított 22 milliárd forintos többletfinanszírozást említi meg. Továbbá arra is felhívja az MTA-elnök figyelmét, hogy az újonnan létrejövő Nemzeti Laboratóriumok rendszere kezdetben mintegy 14 milliárd forint értékben támogatja a nagy, nemzeti kutatási együttműködésekben létrejövő laboratóriumok létrejöttét, de „a későbbiekben” számuk bővülése is várható a jelenlegi 18-ról. 

Ezek azon túl, hogy a hazai kutatás-fejlesztésben alapkutatások tekintetében is az adott tématerületen meghatározóak lesznek, a hazai tudomány számára nemzetközi szinten is egyedülálló kapcsolódási lehetőségeket kínálnak a nemzetközi kutatási térben. A Nemzeti Laboratóriumok, csakúgy, mint az OTKA rendszere is, jelentősen építenek a szereplők közötti bizalomra, ami alapvető feltétele bármilyen nemzeti Innovációs vagy támogató kutatásfinanszírozási rendszer működésének

– írja a miniszter.

Freund korábban a „példátlan” kifejezéssel ítélte el, hogy döntésével a miniszter vagy az NKFIH elnöke a szakmai kollégium minősítésével szemben ítélt meg pályázati támogatást. Ezzel szerinte Palkovics a rendszer hitelességét veszélyezteti, a miniszter magyar és külföldi kutatók szakmai munkáját írta felül egy tollvonással.