A második világháborút követően a kommunisták előbb propaganda-hadjáratot, majd hatalomra kerülésük után koncepciós pereket indítottak az egyház és annak vezetői ellen. A „klerikális reakció” elleni harc jegyében fogadták el az egyházi iskolák államosítását elrendelő törvényt is.
Ma 75 éve, 1948. június 16-án fogadta el az országgyűlés a nem állami iskolák fenntartásának az állam által való átvétele, az azokkal összefüggő vagyontárgyak állami tulajdonba vétele és személyzetének állami szolgálatba való átvétele tárgyában az 1948. évi XXXIII. törvénycikket. A mindössze hat paragrafusból álló törvény megpecsételte az egyházi iskolák sorsát, amikor kimondta, hogy
a nem állami iskolák és a velük összefüggő tanulóotthonok, továbbá a kisdedóvodák fenntartását – a kizárólag egyházi célokat szolgáló tanintézetek (hittudományi főiskola, diakónus és diakonisszaképző stb.) kivételével – az állam veszi át.
A második világháború óriási veszteségeket okozott az iskolarendszernek. Megrongálódtak az épületek, tantermek és felszereléseik, de jelentősen megfogyatkozott a pedagógusok és diákok létszáma is. Az iskolaügy átalakításának első lépéseként 1945. augusztus 18-án elrendelték a nyolcosztályos általános iskola és az arra épülő négy évfolyamos középiskola megszervezését. A tanév kezdete előtt két héttel kibocsátott rendelet felkészületlenül érte az iskolafenntartókat, az egyházakat. A reformot nem készítették elő, legtöbb helyen hiányoztak a szükséges személyi és tárgyi feltételek. Önkritika helyett a hatalom a tehetetlen iskolafenntartókra mutogatott.
A baloldali pártok ekkoriban még nem felekezeti jellegük miatt támadták az egyházi iskolákat, hiszen egy nyílt egyházellenes fellépés szakadást idézhetett volna elő a kormánykoalícióban, hanem a reakciósnak minősített tanárokat, tanítókat és diákokat pécézték ki, illetve a háború előtt kiadott és újból engedélyezett tankönyvek tartalmi elemeit állították pellengérre.
1946 tavaszától kezdtek megjelenni a baloldali sajtóban olyan cikkek, amelyek kétségbe vonták az egyházi iskolák létjogosultságát.
De támadást indítottak az egyházi ifjúsági szervezetek ellen is: 1946 nyarán megszüntették a Magyar Cserkész Szövetséget, és megalakították a Magyar Úttörők Szövetségét.
Aztán 1947 márciusában a közoktatásügyi miniszterré kinevezett Ortutay Gyula irányításával propaganda-hadjáratot indítottak az iskolák államosításának előkészítésére. Ennek jegyében javaslat született a kötelező hitoktatás helyett a fakultatív hitoktatás bevezetésére. A miniszter nem köntörfalazott:
Az iskolaügy elsőrendű politikai és hatalmi ügy, az elemi oktatástól kezdve a felső fokig, mert az elemi fokon is éppen úgy, mint az egyetemen, arra tanítják a növendéket nyíltan vagy burkoltan, hogy az államhatalom különböző posztjain, a szellemi, gazdasági, politikai és egyéb irányító posztjain hogyan viselkedjék és vezesse a hatalom érdekében az ország népét. Az iskolaügyön keresztül az állami apparátusnak módja van, ha tetszik, bármiféle eszmét begyakoroltatni, beidegeztetni.
Az egyház elleni hadjárat élére a Magyar Kommunista Párt állt. Rákosi Mátyás, a párt főtitkára 1948. január 10-én tartott értekezletén kijelentette, hogy a közoktatást meg kell tisztítani az oda behúzódott reakciós elemektől. Mint mondta: „A demokrácia ez évi feladatai között ott van az egyház és a népi köztársaság viszonyának rendezése. Meg kell szüntetni azt a tarthatatlan állapotot, hogy a magyar nép ellenségeinek zöme, az egyházak, elsősorban a római katolikus egyház palástja mögé búvik.”
A kommunistáknak kapóra jött a pócspetri ügy, mert az általuk konstruált koncepciós per alkalmat adott az egyházak elleni uszításra. Az történt ugyanis a szabolcsi Pócspetrin, hogy 1948. június 3-án az esti litánia után tömeg vonult a községháza elé, tiltakozva a helyi egyházi iskola megszüntetése ellen. A demonstrálók ellen fellépő rendőr a lökdösődés közben, tisztázatlan körülmények között halálosan megsebesítette magát.
Rákosiék a lövésért az egész falut felelőssé tették. A községet megszállták az ávósok, kijárási tilalmat rendeltek el, a kihallgatásokon a település szinte minden lakóját bántalmazták. A korabeli sajtó rendőrgyilkosnak titulálta a falut.
A per egyértelmű célja az volt, hogy elrettentő ítélettel megtörjék a Magyar Katolikus Egyház társadalmi befolyását.
A rögtönítélő bíróság egy héttel a történtek után, szedett-vedett bizonyítékok alapján halálra ítélte a helyi plébánost és a segédjegyzőt is. A plébános büntetését életfogytiglani fegyházra változtatták, míg a segédjegyzőt felakasztották. Pár nappal később ebben a légkörben került a parlament elé az egyházi iskolák államosításáról szóló törvény, amelynek hatálybalépése után csak nyolc iskolában taníthattak a szerzetesek, a négy megmaradt renden kívül a többitől megvonták a működési engedélyt, és az egyházakat szoros állami felügyelet alá vonták.
Az egyházak elleni támadás a Mindszenty József esztergomi bíboros elleni koncepciós perrel vett újabb fordulatot. Az egyházi vezetőt 1948 karácsonyán az érseki palotában tartóztatták le, ahonnan az ÁVH hírhedt központjába, az Andrássy út 60.-ba hurcolták.
Az őrizetbe vételt követően Kádár János belügyminiszter hiába szólította fel Grősz Józsefet és három püspöktársát lemondásra, ők a helyükön maradtak. De a protestáns egyházak sem kerülhették el a sorsukat: Ordass Lajos evangélikus püspök ugyancsak börtönbe került, míg Ravasz László református püspököt teljes visszavonulásra kötelezték.
A kommunisták egyik legfőbb ellenfelüknek Mindszentyt tartották. A katolikus főpap sohasem rejtette véka alá a véleményét, hiszen nyíltan ellenezte a földosztást, bírálta a politikai rendőrség működését, a németek kitelepítését, de szót emelt az iskolák államosítása ellen is:
Amíg az egyház minden téren elöl járt a népnevelésben, az állam csak jóval később, nálunk a XVIII. század végén látott az iskolák alapításához, és mégis ez az állam, mely oly elkésve ébredt népnevelő feladatának tudatára, hamarosan a hitvallásos iskolák visszaszorítására, sőt kiirtására törekedett, főleg az elemi iskolák államosításával. Nagy igazságtalanság volt ez azzal az egyházzal szemben, amely századokon át mérhetetlen áldozatokat hozott az iskolaügy érdekében, és becsületes, művelt nemzedékek hosszú sorának felnevelésével elévülhetetlen jogot szerzett iskoláihoz.
1949. január 7-én pápai levél érkezett, amelyben XII. Pius azt kérte a magyar püspöki kartól, hogy ne egyezzenek meg a kommunista hatalommal, ne engedjenek a nyomásnak. A püspöki kar több mint másfél éven át küzdött a Rákosi-rendszer durva támadásai ellen, mígnem Grőszt végül mégis tárgyalóasztalhoz kényszerítették. A kalocsai érsek 1950. augusztus 30-án kénytelen volt aláírni az állammal kötött, a katolikus egyház állami ellenőrzését biztosító, működését csak korlátok között engedélyező megállapodást.
Rákosiék nem voltak elégedettek az eredménnyel. 1951. május 4-én a Magyar Dolgozók Pártja titkárságának ülésén Révay József, a párt főideológusa kijelentette, hogy
az 1950-es egyezmény és a szerzetesrendek feloszlatása nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket, sőt rövid távon rosszul sült el, hiszen a zárdákból a szerzetesek kikerültek a társadalomba.
Ezért úgy döntöttek, újabb csapást mérnek a „klerikális reakcióra”, és bebizonyítják, hogy az egyház hitszegő módon megszegte az egyezményt.
1951-ben rendezték a Rákosi-rendszer újabb koncepciós perét Grősz József kalocsai érsek és társai ellen. Az egyház megtörését célzó eljárásban, valamint a hozzákapcsolódó huszonnégy szatellitperben több mint száz személyt ítéltek el, köztük tizenötöt halálra.