Mint ahogy azt korábban az Index is megírta, a kegyelmi ügyként emlegetett pedofilbotrány után – amelyben elnöki kegyelmet kapott a pedofilsegédletben érintett K. Endre – lemondott Novák Katalin köztársasági elnök és Varga Judit igazságügyi miniszter, azonban Balog Zoltán csupán a református zsinat lelkészi elnöki tisztségéről mondott le, míg püspöki címét megtartotta.

A kegyelmi üggyel kapcsolatban Balog egy videóban osztotta meg gondolatait, amelyben többek között azt hangsúlyozta, hogy nem azért kell bocsánatot kérnie, mert egy kegyelmet kérő ember mellé állt, hanem azért, mert ez az ügy a református egyháznak kárt okozott, amit mélységesen sajnál és minden reformátustól bocsánatot kér.

Azért nem kérek bocsánatot, hogy kegyelmet kértem egy általam ártatlannak hitt embernek

– mondta a püspök a február 16-i zsinati értekezleten.

Amikor erre a mondatára kérdezett rá a 444 riportere, valamint azt is meg akarta tudni, hogy miért tartotta ártatlannak K. Endrét, akit kényszerítés miatt jogerősen 3 év 4 hónapos börtönbüntetésre ítélték, csak ennyit reagált:

Azt kérném, hogy engedjenek a lelkipásztoraimmal találkozni, jó?

Megjegyezte továbbá, hogy az ügy miatt már többször is a nyilvánosság elé állt, és ha szükség lesz rá a jövőben, újra megteszi.