A 49 éves Funes a gerillaszervezetből alakult politikai párt, a Farabundo Martí Nemzeti Felszabadítási Front (FMLN) jelöltjeként a szavazatok valamivel több mint ötven százalékát kapta a márciusi választáson, és ezzel öt évre nyerte el a megbízatást. Alelnökként az egykori gerillák főparancsnokságának az egyik tagja, Salvador Sánchez Cerén áll mellette.

A beiktatáson részt vevő mintegy négyezer vendég között volt egy tucatnyi latin-amerikai elnök, és Hillary Clinton amerikai külügyminiszter is. Funes még a választások előtt ígéretet tett arra, hogy Salvador Washington szövetségese marad. Hozzátette: nem látja okát annak, hogy ne értsen szót Barack Obama amerikai elnökkel, akitől Latin-Amerika új párbeszédet vár. Megígérte azt is, hogy elnöksége alatt folytatódik a piacbarát gazdaságpolitika.

Beiktatási beszédében Funes bejelentette, hogy "azonnal" felveszik az 1959-ben megszakított diplomáciai kapcsolatot "a testvéri kubai nemzettel". Salvador mára az egyetlen állam maradt Közép-Amerikában, amelynek nincs kapcsolata Havannával.

Az új salvadori elnök korábban televíziós sztárújságíró, a CNN amerikai hírtelevízió tudósítója volt. Pártjához csak fél évvel a választás előtt csatlakozott. Az 1980-ban kirobbant polgárháborút nemzetközi segítséggel kötött belpolitikai megállapodások zárták le 1992-ben.