Ratko Mladics a boszniai szerb hadsereg egykori főparancsnokának elfogása mindig is nehéz feladatnak tűnt, a tábornoknak ugyanis még mindig sok barátja van Belgrádban. A jugoszláv hadsereg volt vezérőrnagya az establishment tagja volt már a régi időkben is, így méltán számíthatott egykori harcostársai segítségére.
Mladics kivételezett helyzete katonai múltjából fakad. A jugoszláv néphadsereg, a JNA ugyanis nem pusztán egy fegyveres erő volt, hanem állam az államban. Tito Jugoszláviájában a katonák teljesen el voltak szigetelve a külvilágtól, vallásuk a titóizmus és a jugoszlavenizmus volt, így egyedül a szerb nacionalisták tudták magukat képviseltetni a seregben. Hiszen a jugoszláv tagállamok nacionalistái közül egyedül a szerbek voltak érdekeltek az állam egyben tartásában, és keresve sem találhattak volna jobb eszközt nagyszerb hegemóniájuk kiterjesztésére Európa negyedik legerősebb haderejénél. Így eshetett meg, hogy a délszláv háborúk kezdetén a szerb nacionalizmus jól képzett, felfegyverzett haderőt tudott csatába küldeni. Boszniában Ratko Mladiccsal, korosztálya egyik legtehetségesebb katonájával az élén.
Mladics hamar átlátta, hogy Jugoszlávia egybetartására nincs esély, így már a horvátországi harcok idején, a knini katonai körzet parancsnokaként a horvát- és szlovénmentes Szerboszlávia megteremtése lett új célja. Talán stratégaként hozta meg a döntését, végül is a boszniai háború alapvetően Tito védelmi stratégiájából indult ki. Aszerint ugyanis az ellenséget Bosznia átjárhatatlan hegyei között kell legyőzni, ahogy a náci Németországgal is tették.
A boszniai háború előestéjén Belgrád papíron utasította a JNA katonáit, hogy vonuljanak ki Bosznia-Hercegovinából. A kivonulás látszólagos volt, mert a legtöbb Boszniában állomásozó katona boszniai volt, ha akartak se tudtak volna hová visszavonulni. Az alakulatok vezére a jugoszlavenizmus híve, Milutin Kukanjac tábornok volt, aki azonban belebukott abba, hogy katonái megkísérelték elrabolni Alija Izetbegovics bosnyák elnököt. Belgrád, fennhatósága utolsó nyilvános példájaként, Mladicsot állította Kukanjac helyére.
Személyében a boszniai haderő meglehetősen önálló parancsnokra tett szert. A jugoszláv katonai elitakadémiákat rendre évfolyamelsőként befejező Mladics ráadásul a politikai hadszíntéren is domborított, 1993 májusában a boszniai szerb parlament az ő bemutatója után mondott nemet a Vance-Owen-béketervre, amit személyesen Szlobodan Milosevics propagált Paléban, a boszniai szerb parlament ülésén. Egy ilyen önállóskodás után Karadzic kegyvesztett lett, Mladics azonban megőrizte hatalmát.
A hadiszerencse 1995-ig kísérte, de közben már személyes tragédiák is érték. Belgrádban tanuló lánya az ENSZ védelme alatt álló Gorazsde lerohanásakor öngyilkos lett. 1995 júliusában hajtották végre Mladics csapatai a szrebrenicai vérengzést. A jelentéktelennek tűnő kisváros az összefüggő kelet-boszniai szerb területek közepén éktelenkedve veszélyt jelentett a boszniai szerb hadsereg utánpótlási vonalaira. A mészárlással azonban túllőtt a célon, kiprovokálta a NATO beavatkozását, és végső soron megalapozta a horvátországi szerb területeket felszabadító horvát Oluja hadműveletet. Az amerikaiak ugyanis ezután adtak szabad kezet a horvát hadseregnek Boszniában is, a horvát alakulatok a muzulmán-bosnyák csapatokkal közösen kis híján elfoglalták Banja Lukát, a boszniai szerbek legnagyobb városát is. A katonai összeomlást gyors béke követte, 1995 októberében aláírták a boszniai háborút lezáró daytoni egyezményt.
A békekötést követően még egy évig maradt a boszniai szerb hadsereg parancsnoka. A hágai vádemelés után rövid ideig a Szarajevó melletti Han Pijesak katonai bunkerében bujkált, de hamar biztonságra talált a még négy évig Milosevics uralma alatt álló Jugoszláviában. Bár hivatalosan nemzetközi körözést adtak ki ellene, nagyon nem is bujkált. Nyilt titok volt, hogy melyik belgrádi villában lakik. Nyilvános eseményeken vett részt - a Jugoszlávia-Argentína-labdarúgómecsett a díszpáholyból, húsz testőr gyűrűjében nézte végig. Tehette, mert sértetlenségét a hadsereg mellett a belügyminisztérium Boszniát is megjárt különleges alakulatai, a vörössapkások is biztosították.
Azok a vörössapkások, akik 2002. októberében a boszniai állami rádió korabeli beszámolója szerint túszul ejtették Zoran Djindjics miniszterelnök nejét és fiát, ezzel zsarolva ki a rövid időre őrizetbe vett Mladics szabadon engedését. A vörössapkások később meg is gyilkolták Djindjicset, aki egyre elszántabb volt Mladics elfogására. Djindjicsnek, ha nem ölik meg, sem lett volna könnyű dolga Mladiccsal. Legfőbb politikai riválisa, a nacionalista Vojiszlav Kostunica szerb elnök állítólag személyesen garantálta biztonságát.
A következő években rejtélyes gyilkosságokat kötnek Mladicshoz, illetve bujtatóihoz. Három belgrádi kiskatona rejtélyes halálának ügye is arra utal, hogy a tábornok Belgrádban bujkált. Ugyanakkor a hírek szerint Mladics Moszkvában és a görögországi Theszalonikiben is többször felbukkant. Visszafogottabb elemzők szerint ezek a hírek akár a nemzetközi hatóságok megtévesztését is szolgálhatták.