A Bush-doktrínának voltak sikerként értékelhető hatásai, de ezeket elhomályosítják a kudarcok. A franchise-rendszerré alakuló al-Kaidában az egymáshoz sokszor csak lazán kötődő külföldi csoportokban nem volt annyira jelentős a központi vezetés befolyása. Szeptember 11-nek kevés közvetlen hatása volt az arab világban, derült ki a 2001-es terrortámadások évfordulójához közeledve tartott konferencián.
A „fekete hattyú koncepció” példájaként említette az amerikai tervezés szempontjából szeptember 11-et Balogh István, az MKI munkatársa a 2001. szeptember 11-i terrortámadások szombati évfordulójához közeledve a politikai változásokról tartott konferencián a Magyar Külügyi Intézetben. Ez arra utal, ha egy esemény bekövetkezése a korlátozott ismeretek alapján szinte lehetetlennek tűnik.
Szerinte a Bush-doktrína annyiban sikeres volt, hogy a proaktív, kezdeményező külpolitikával együtt járó kiszámíthatatlanságnak elrettentő hatása is volt. Líbia lemondott tömegpusztító fegyverprogramjáról, Szíria kivonult Libanonból 2005-ben, Irán pedig Szaddám Huszein bukása után ajánlatot tett a történelmi kiegyezésre, valamint urándúsítási moratóriumot hirdetett.
Ugyanakkor Afganisztán instabillá vált, valamint az ezzel ellentétes szándék ellenére Irán regionális befolyásának növekedése is a kudarcok közé tartozott. Irán és Észak-Korea is felgyorsította nukleáris programját, így akarták elkerülni, hogy annak a Szaddám Huszeinnek a sorsára jussanak, akinek nem voltak atomfegyverei. Hosszú távon megromlottak az Egyesült Államok kapcsolatai Moszkvával és Pekinggel, és az USA megítélése különösen az iszlám világban sokat romlott. Balogh szerint a Bush-doktrína bizonyos elemeiben tovább él az Obama-adminisztráció alatt is, például a terrorizmus elleni erőfeszítésekben.
Wagner Péter, a Magyar Külügy Intézet munkatársa az al-Kaida metamorfózisáról beszélt. Az Oszama bin Laden rejtekhelyén is talált táviratok szerint 1996 és 2001 között több hasonló, egymással rivalizáló szervezet is működött az afganisztáni területeken. Az is kiderült, hogy az al-Kaida szinte vállalati jelleggel, szigorú hierarchia alapján működött, az iratok szerint egy hónappal előre kellett szólni, ha valaki szabadságot akart kivenni, illetve az is le volt írva, milyen feltételekkel lehet költségtérítést kérni a külföldi utakhoz.
2003 után az al-Kaida egy franchise-rendszerré alakult át, több szervezet is az al-Kaida nevében követett el és vállalt támadásokat. Ezekre viszonylag kicsi lehetett Oszama bin Laden és az al-Kaida második emberének, Ajman al-Zawahirinek a befolyása, azonban úgy tűnik, hogy az arab-félszigeti al-Kaida inkább egyfajta fiókszervezetként működik, sokkal közvetlenebbül kötődik a felső vezetéshez. Az elmúlt években már egyre inkább az egyénileg, akár az interneten keresztül radikalizálódott emberek jelentik az egyik legnagyobb veszélyt, ez adja az al-Kaida egyik metamorfózisát.
N. Rózsa Erzsébet, az MKI koordinációs igazgatója arról beszélt, hogy szeptember 11-nek kevés közvetlen hatása volt az arab világban. Az utána következő lépésekre azonban már reagáltak. A terrortámadások után egyrészről sokan szimpátiával fordultak az Egyesült Államok felé, mások ugyanakkor úgy vélték – akár neutrális felhanggal -, hogy azt kapta, amit megérdemelt. Az addigi tendenciákat ugyanakkor maximálisan kiélezve megugrott az arab- és iszlámellenesség, amelyet pontosan érzékeltek az arab világban.
Rácz András, az MKI főmunkatársa szerint szeptember 11. után Vlagyimir Putyin akkori orosz elnök műveleti szinten is támogatást ígért az Egyesült Államok terrorellenes harcához, azonban cserébe szabad kezet kért Csecsenföldön. Ez az együttműködés még akkor is jelentős határpontot jelentett, ha nem sokkal később ki is fulladt. Az észak-kaukázusi és a belföldi, de nem kaukázusi vonalon nem hozott jelentős változást a WTC elleni terrortámadás, a 2004-es beszláni túszdrámát tartották Oroszország szeptember 11-ének.
A média szerepét hangsúlyozta Kiss J. László, az MKI tudományos igazgatója, aki szerint ettől is függ, hogyan gondolkoznak az emberek a terrortámadásokról. Szerinte a terroristáknak nagyon fontos a figyelem megszerzése a megfélemlítéshez, míg a médiának nagy nézettséget jelenthet a terrorizmus.
Lattmann Tamás nemzetközi jogász szerint szeptember 11. főként az egyes államok gyakorlatában hozott változásokat, a nemzetközi jogban nem voltak olyan jelentős átalakulások. A leginkább a fegyveres erők alkalmazásával és az emberi jogokkal kapcsolatos szabályok esetében volt hatása a terrortámadásoknak.