A posztjáról szeptember 4-én távozó Muellerrel a héten folytatott, értékelő és záró sajtóbeszélgetést pénteken ismertették vezető amerikai napilapok. Mueller a Wall Street Journal beszámolója szerint rámutatott, hogy a 2001. szeptember 11-i terrortámadások óta - amelyeket egy héttel a hivatalba lépése után követtek el az al-Kaida terroristái - a fenyegetettség még mindig jelen van, de máshonnan származik. Az FBI igazgatója Tunéziát, Líbiát, Malit, Algériát, Szíriát és Egyiptomot sorolta fel ennek forrásai között. Ezekben az országokban vannak olyan személyekből álló szervezetek, akiket a szélsőségesnek vagy erőszakos szélsőségesnek lehet minősíteni és akik a későbbiekben fenyegetést fognak jelenteni. Nem csak itt, nekünk, az Egyesült Államokban jelentenek majd fenyegetést, hanem a külföldön tartózkodó amerikaiak számára is - mondta.

Robert Mueller a Washington Post beszámolója szerint az Amerikára leselkedő legsúlyosabb fenyegetések közé sorolta az olyan, amerikai belföldön radikalizálódott magányos farkasokat, mint akik az idei bostoni maratoni futóverseny finisében és a Fort Hood-i bázison 2009-ben követtek el merényletet. Rámutatott, hogy nehéz őket a támadást megelőzően beazonosítani és fellépni ellenük. Aggasztónak tartotta a repülőgépek elleni jövőbeni támadásoknak, valamint annak a lehetőségét, hogy tömegpusztító fegyverek terroristák kezébe kerülhetnek. Hangsúlyosan hívta fel a figyelmet arra a veszélyre is, hogy terroristák kibertámadást intézhetnek pénzügyi intézmények vagy az amerikai energiahálózat ellen.

A New York Times azt tartotta fontosnak kiemelni, hogy a Mueller helyébe szeptember 5-én lépő James B. Comeynak meg kell majd küzdenie a költségvetési megszorítások következményeivel. A távozó igazgató elmondta, hogy a kiadáscsökkentések miatt az FBI-nak vissza kellett fognia a kiberterrorizmus elleni programjait, a kapcsolatépítés szempontjából nélkülözhetetlen nemzetközi utazásokat, a kiképzést és a rendőrségnek nyújtott támogatást. A lap úgy tudja, októbertől kezdődően az FBI több mint 35 ezer alkalmazottját szakaszosan 13-15 napi kényszerszabadságra fogják küldeni. Az FBI költségvetésének 60 százalékát a személyi kiadások jelentik, de belső átcsoportosításokkal eddig el lehetett kerülni az elbocsátásokat.

A 69 éves Robert Mueller az FBI leghosszabban szolgáló igazgatója J. Edgar Hoover óta. A George W. Bush által kinevezett szakember az Obama-kormány kezdeményezésére és a kongresszus jóváhagyásával a 10 éves rendes mandátumán felül további két évet töltött hivatalában. Irányítása alatt az FBI fő profiljává a terrorelhárítás vált. A szervezet komoly informatikai beruházásokat hajtott végre és 18 külföldi képviseletet nyitott.

A New York Times értesülése szerint Comey nem tervez nagyobb átszervezést az FBI-nál, vagyis az elsőbbség továbbra is a terrorelhárításé marad. Az új igazgató a kiberbiztonságra, a bengázi amerikai konzulátus ellen 2012. szeptember 11-én elkövetett terrortámadás elkövetőinek kézre kerítésére fog összpontosítani. Mueller elutasította azokat a bírálatokat, amelyek szerint az FBI nem lépett fel elég határozottan a 2008-as pénzügyi válság felelőseivel szemben. Hangoztatta, hogy a szövetségi hatóság minden esetben eljárást indított, ha bizonyítékhoz jutott. Az FBI igazgatója törvényesnek és a terrorelhárítás szempontjából nélkülözhetetlennek nevezte a Nemzetbiztonsági Ügynökség (NSA) által folytatott adatgyűjtést.