A fradi.hu közleménye szerint a 28 éves futballista 2017 januárjában szerződött a Ferencvároshoz, amelynek színeiben 2017. február 11-én, egy Budapest Honvéd elleni kupameccsen mutatkozott be. Ennek is köszönhetően rögtön a debütáló féléve végén megnyerte első címét a FTC-vel, tagja volt ugyanis a 2016–2017-es MOL Magyar Kupa győztes együttesnek.

Botka a következő idény kezdetén, a Midtjylland ellen 2017. július 13-án lejátszott Európa-liga-selejtező alkalmával megszerezte első gólját is a zöld-fehéreknél, melyet azóta további hét követett.

A hátvéd első teljes évében bajnoki ezüstérmet nyert, a következő, 2018–2019-es szezonban azonban ő is tagja volt a Ferencváros 30. bajnoki címét elhódító keretének.

A folytatásban további három bajnoki aranyéremmel bővült Botka Endre kollekciója, így ötszörös magyar bajnoknak vallhatja magát, mivel korábban a Budapest Honvéddal is felért a csúcsra. 

A hazai sikerek mellett a hátvéd eddig háromszor szerepelhetett a Ferencvárossal az Európa-liga csoportkörében, egyszer pedig a Bajnokok Ligája főtábláján is.