Az első két év felemés eredményei után (egy BL-győzelem, egy FA-kupa, de csak egy bajnoki 3. hely) Benitez készen állt arra, hogy csapata egy újabb szintet lépjen, és komoly kihívója legyen a Chelsea-Manchester United-Arsenal triónak. 2007 februárjában úgy tűnt, ebben partnerre talál a két új amerikai tulajdonos személyében, de Tom Hicks és George Gillett nem tűrt meg maga mellett egy harmadik főnököt. A vezetőség és a menedzser közti vitáknak pedig a játékosok és a szurkolók itták meg a levét.
A nyári átigazolási szezonban a klub akkori többségi tulajdonosa, David Moores még egyszer rábízta pénztárcáját Benitezre, aki el is költött menten 27 millió fontot. Érkezett Kuyt, Bellamy, Paletta, Aurelio, Pennant és El Zhar, távozott viszont 11 játékos, köztük Kromkamp, Traore és Morientes. A bevásárlás és nagytakarítás télen tovább folytatódott, Mascherano és Arbeola az érkezők, Diao és Kirkland a távozók listáján volt. Benitez ebben a két átigazolási időszakban 18 millió fontért adott el, de kb. 31 millióért vásárolt játékost.
A pénzt persze valahonnan pótolni kellett, az egyre kevesebb tartalékkal rendelkező klub így azt szerette volna, hogy a nagy bevétellel kecsegtető BL-ben minél tovább meneteljen a csapat, a szurkolóknak viszont az áhított 19. bajnoki cím volt a fontosabb. A bajnokságban egyenletesen közepes teljesítményt nyújtott a csapat, hiába nem kapott gólt húsz meccsen Reina, a tíz vereség és nyolc döntetlen azt jelentette, hogy a Manchester United nyomába sem érhetett a Liverpool és 21 ponttal lemaradva tőlük ismét csak harmadikok lettek.
Míg Benitez otthon nem tudta átlépni saját árnyékát, csapata ismét sikeres volt az európai porondon. A csoportmeccsek után kiverték a Barcelonát, a PSV-t, és az elődöntőben a Chelsea-t, így következhetett a Milan, csak úgy mint 2005-ben. A 2007 május 23-án rendezett döntőben viszont az olaszok már nem követték el azt a hibát, mint Isztambulban, és 2-1-re nyertek az impotens támadójátékkal kirukkoló Liverpool ellen.
A klub ekkor már a két amerikai tulajdonában volt, akik 2007 elején egy új stadion ígéretével érkeztek Liverpoolba. Arra is garanciát kapott Rafa, hogy Kuyt mellé igazolhat egy világklasszis csatárt a nyári átigazolási szezonban, és nem fognak beleszólni abba, mire költi a pénzt. A két fél közötti viszony akkor kezdett elmérgesedni, amikor a BL-döntő után egy elhamarkodott nyilatkozatban Rafa az amerikai tulajdonosokat vádolta a döntő elvesztéséért: "Kértem tőlük, hogy vegyünk legalább egy, de inkább két világklasszist még télen. Azt mondták, most nincs pénz, ez lett belőle. Így nem lehet BL-t nyerni."
Újabb nyár, újabb nagytakarítás: soha egyetlen edző sem forgatta fel a Liverpool keretét úgy, ahogy a spanyol tette évről évre. Augusztusig 11 játékostól szabadult meg (télen még kettőtől), elment Bellamy, Zenden, Dudek, Fowler, Gonzalez, Cissé és Luis Garcia (23 millió font értékben), jött többek között Lucas, Leto, Voronyin, Benayoun, Babel, Insua és Torres (47 millió fontért). Arra panasza tehát nem lehetett Beniteznek, hogy nem kapott pénzt vagy nem igazolhatott világklasszist.
A legnagyobb fogás kétségkívül Fernando Torres volt, aki első szezonjában 33 gólt termelt, és az első perctől fogva kiváló kapcsolatot ápolt Gerrarddal. Rafa a csapatot gyökeresen átalakította és El Ninóra épített mindent: Kuyt kiszorult a szélre, és a bajnokságban csak 3 gólt szerzett (az előző évben még 18-at), de az új felállás sem volt sikeresebb, mint az előző: a Liverpool januárra megint távol került a bajnoki címtől (a végén csak negyedik lett), így Benitez újra a tulajdonosokhoz fordult, hogy adjanak neki még pénzt.
Sissoko eladásából 8,5 millió fontot kasszírozott, de ez semmi ahhoz képest, hogy Mascheranóért (aki eddig csak kölcsönben volt) 18,5 milliót kellett kifizetnie, és Martin Sktrel is benne volt 6,5 millióban - az éves mérleg tehát megint mínuszban volt, mint általában Benitez alatt. Hicks és Gillett a sajtón keresztül üzente, hogy több pénzt csak akkor kap, ha felmutat valamit, és ez februárban már csak a BL lehetett. Rafa belement a nyilatkozatháborúba, és a tulajdonosok ellen hangolta a közvéleményt, pedig jobb lett volna, ha elgondolkodik az olyan bevásárlásain, mint Gonzalez, Leto vagy a 11 milliós buktának bizonyuló Babel.
A BL-ben a csapat az elődöntőig menetelt, a csoportkör után az Intert és az Arsenalt is elintézték, és a Chelsea elleni elődöntő első meccsének utolsó percéig úgy tűnt, nem lesz nagyobb probléma a döntővel sem, de ekkor egy Riise-öngól mindent megváltoztatott. A visszavágón a Liverpool kikapott, és ismét úgy zárta az idényt, hogy nem nyert semmit. A szurkolók továbbra is kiálltak az edző mellett, akit viszont a tulajdonosok ki nem állhattak, és még az idény vége előtt tárgyalásokat kezdtek Jürgen Klinsmannal. Hosszú, ideges nyár várt a Liverpoolra. (folytatjuk)