Torgyán József 1999. január 10-én lett a Ferencváros elnöke. Földművelésügyi és vidékfejlesztéi miniszterként próbált segíteni azon az FTC-n, ami éppen három évvel volt túl minden idők legjobb magyar klubszereplésén. Bejutott a Bajnokok Ligájába, ahol legyőzte a svájci Grasshopperst, és a Real Madriddal döntetlent játszott az Üllői úton. Az akkor összejött több mint 500 millió forintnak addigra már se híre, se hamva nem volt.

Olyannyira nem, hogy Torgyánt nem csak egy üres kassza fogadta, hanem egy súlyos anyagi gondokkal küzdő klub. Torgyán többször is hangsúlyozta, hogy a Ferencváros a Földművelési és Vidékfejlesztési Minisztérium (FVM csapata, így a minisztériumnak, vagyis államnak kötelessége gondoskodni róla.

A Független Kisgazdapárt elnökeként és miniszterként is sikerült betömni a lyukakat, de a klub a játékosok felé így is rengeteg tartozást halmozott fel. Pénz kellett a Fradinak, Torgyán pedig hozott. Ezek miatt később Szabadi Bélát, a FVM korábbi államtitkárát, aki a Ferencváros irányításában is segítette Torgyánt, hűtlen kezelés és hivatali visszaélés miatt két év felfüggesztett börtönbüntetésre ítélték.

Szabadi irányítása alatt álló gazdasági társaságok – tulajdonosuk az FVM – reklámszerződéseket kötöttek a Ferencvárossal. Az Agrárinnovációs Kht., a Concordia Közraktározási Rt. és az ATEV Rt. voltak elsősorban ezek a cégek, amik állami pénzen finanszírozták a Ferencvárost.

2001. februárjának elején Torgyán József és Szabadi Béla lemondott a vezetői tisztségről és Szeiler Józsefre, az akkori futballcsapatot működtető kft. ügyvezetőjére bízták az egyesületet. Szeiler – aki köztudottan Várszegi Gábor embere volt és jelentős szerepe volt abban is, hogy fél évvel később az MTK-tulajdonos szerepet vállaljon a Ferencváros működtetésében, a mai napig is a Várszegi tulajdonában álló Sugár üzletközpont ügyvezetője – nem vállalta a klub vezetését.

Érdemes azért megemlíteni a Torgyán–korszak sportsikereit is. 1999-ben a második, majd egy az 1999–2000-es szezon végén az ötödik lett a Fradi, előbb 19 ponttal az MTK-től, utóbb 26 ponttal a Dunaújvárostól maradt le. Torgyánék már nem érték meg azt a klub élén, hogy egy szezonnal később bajnok lett a Ferencváros. Az egykori pártelnök kedvenc edzőjével, Csank János vezetésével a 27. bajnoki címét szerezte meg az FTC.

Torgyán így számolt be a klubhoz való kötődéséről: „Egyébként a Fradi-kapcsolatom régi, és elmondhatom, hogy amikor Újpesten ügyvédeskedtem, a feleségemet behívatta a IV-XV. Kerületi Bíróság elnöke, és elmondta neki: asszonyom, az ön férjével előbb-utóbb óriási gondok lesznek, mert fasiszta. A feleségem kérdezte, hogy mire alapozza ezt a feltételezést, mire azt válaszolta, merthogy Fradi-drukker. Tehát már akkor is sok mindent el kellett tűrnöm azért, hogy Fradi-szurkoló voltam és akkor úgy gondoltam, ha az életben úgy adódna, akkor segítenék a Fradin.”

Torgyán a Ferencváros NB I-ből történő kizárásakor is felemelte a szavát és politikai koncepciót vélt felfedezni a döntések mögött. Kevin McCabe-et, a zöld-fehér klubot privatizáló angol milliomost is kritizálta, jókorán megjósolta, mi lesz ennek az üzletnek a vége. Torgyán József ebben az egyben teljesen helytállóan tárta fel a jövőt. Azt sem tudhatta akkor, hogy olyan elnök, Furulyás János követi majd, aki a klubot minden idők legmélyebb válságába sodorta.