A teljes testfelületet letapogató átvilágítás során a berendezés alacsony energiaszinten működik, így jóval biztonságosabb, mint például egy röntgenvizsgálat. Az új kutatások szerint azonban a sugárzás energiája veszélyesen magas szinten koncentrálódik közvetlenül a bőr alatt, főként a nyakon és az arcon, ahol sokkal nagyobb sugárdózist kap az átvilágított, mint eddig gondolták.

A Columbia Egyetem kutatói szerint a testszkenner sugárzása a az arc bőrön az eddig számított értékek húszszorosát is elérheti, és ezzel egyenes arányban nő a bőrrák kialakulásának kockázata is, főleg gyerekeknél.

Az egyetemi kutatócsoport vezetője az a Dr. David Brenner, akinek a szakvéleményére alapozva 2002-ben elkészült a reptéri szkennerek alkalmazásáról szóló amerikai ajánlás. Brenner azt mondja, akkor azzal a feltételezéssel élt, hogy nem fogják ennyire aktívan, szinte minden reptéren alkalmazni a technológiát.

A testszkenner ellen az orvosi érvek mellett személyiségi jogi aggályokat is felvetettek már jogvédő csoportok, felmerült a potenciális DNS-károsodás veszélye, néhány ország, például a terrorizmus által kiemelten fenyegetett Izrael pedig azért nem használja, mert a tesztjeik szerint túl könnyen átverhető a rendszer.