Az 1990-es években kezdődtek azok a genetikai tanulmányok, amelyek közül a legfrissebb most került nyilvánosságra. Ezek azt jelzik, hogy a világ zsidóságának közös biológiai gyökerei is vannak a kulturális és vallási kötelékeken túl. Több esetben az elemzések igazolták mindazt, amit a tudósok régészeti és történelmi források alapján korábban már feltételeztek.
Az amerikai tudományos akadémia folyóiratában, a PNAS-ben ismertetett tanulmány szerint a két különálló csoportba sorolható zsidók közül az egyikbe tartozók közelebbi rokonságban vannak európai társaikkal, ami történelmi vándorlásukra utal.
Harry Ostrer kutatásvezető, a New York-i Albert Einstein Orvosegyetem orvosi genetikusa csoportjával 509 észak-afrikai zsidó és 11 nem zsidó genomját elemezte. Észak-Afrika ad otthont a második legnagyobb zsidó diaszpórának, csak az amerikai zsidókat is magában foglaló európai zsidó diaszpóra nagyobb nála. A kutatók megállapították, hogy az észak-afrikai zsidó populációk az idők során genetikailag különbözővé váltak; minden egyes országban saját, rájuk jellemző DNS-jegyeket hordoznak. Ostrer szerint ez arra utal, hogy főként saját vallási és kulturális csoportjukon belül házasodtak. Gettókban éltek, ezért mozgásuk meglehetősen korlátozott volt, és az egymás között házasodással olyan közeli rokonságba kerültek, mint amilyenben az unokatestvérek gyerekei vannak.
Az elemzés szerint valamennyi észak-afrikai zsidó közel-keleti ősöktől származott, ami alátámasztja azt a feltételezést, hogy a bibliai kori izraeliták telepeket alapítottak az észak-afrikai partokon. Az is kiderült, hogy egyes csoportok genetikailag közelebb állnak európai társaikhoz, mint várható volt. Ez Ostrer szerint közös alapítókra utal, vélhetően a Közel-Keletről nyugatra vándorolt zsidókról van szó.
Ha az észak-afrikai és az európai zsidó populációknak közösek az elődeik, akkor az inkvizíció idején Spanyolországból elűzött, majd Afrikában letelepedett szefárd zsidók eredete legalább 1000 évvel korábbra, Észak-Afrikába tehető. Ostrer hangsúlyozta, hogy a szefárd zsidók jellegzetes észak-afrikai eredetet mutatnak, ami kétirányú vándorlásra utal az évszázadok során, Észak-Afrika és Európa között.
DNS-vizsgálattal bizonyították azt is, hogy időszámításunk előtt 312-ben Egyiptom királya letelepítette a zsidókat Cyrenaicában, a mai Líbia területén. Történelmi feljegyzések szerint az időszámítás utáni első évszázadban 500 ezer zsidó élt itt. A tunéziai és a közel-keleti zsidók DNS-ének összehasonlítása megerősíti azokat a feljegyzéseket, amelyek szerint a második jeruzsálemi szentély lerombolása idején, időszámításunk szerint 70-ben harmincezer zsidót deportálhattak a mai Tunézia területén lévő Karthágóba.
Az észak-afrikai zsidók két különböző genetikai csoportba tartoznak. Az egyik csoport tagjai Marokkóban és Algériában élnek, míg a másik csoport tagjai Tunéziában és Líbiában. Az előbbiek vannak közelebbi rokonságban az európai zsidókkal. Ez arra utal, hogy amikor 1492-ben a szefárd zsidókat elűzték Spanyolországból, majd 1497-ben Portugáliából, az Észak-Afrikába szököttek közül legtöbben ott maradtak, ahol partot értek, nem mentek tovább keletre.
További meglepetést hozott a grúziai zsidók DNS-ének elemzése, amelyre most először került sor. Kiderült, hogy közeli rokonságban állnak a közel-keleti zsidókkal, köztük az Irakban és Iránban élőkkel is. Ostrer szerint ez a zsidó népesség jelentős migrációjára utal a Selyemút mentén a Perzsa-birodalomban, kis létszámú zsidó csoportok pedig közösségeket alapítottak Indiában, Burmában és Grúziában.
Az Etiópiában élő zsidók genetikailag olyan távol vannak a többi zsidótól, hogy közösségüket minden bizonnyal csupán néhány vándor alapíthatta, akik áttérítették a helyieket a judaizmusra, és a helyi közösségen belül házasodtak. Minderre több mint 2000 évvel ezelőtt kerülhetett sor. Ez azt is megmagyarázhatja, hogy az 1984-ben a Mózes-hadművelet során Izraelbe eljuttatott etiópiai zsidók miért nem ismerték a hanuka ünnepét, amely az időszámítás előtti 2. században történt eseményről emlékezik meg, amikor őseik már rég elhagyták Izraelt.