A spanyol gyarmatosítások időszaka alatt eltemetett kisgyermekek maradványait fedezték fel perui régészek, akik a lelettel azt bizonyíthatják, a hódítók vihették be a fertőző himlőt Dél-Amerikába. Nem járunk messze az igazságtól, ha a spanyol konkvisztádort, Francisco Pizarrót hibáztatjuk a betegség regionális elterjedéséért, hiszen ő volt az, aki felborította az inka birodalmat és megalapította Limát.
Perui régészek bukkantak rá azokra a gyerekcsontvázakra, amiket a 16. században temethettek el. A csontok vizsgálata arra is fényt derített, hogy a gyerekek egy olyan himlővírus áldozatai lehettek, ami egy ritka csontfertőzést is okozott.
1540 körül valószínűleg himlőjárvány tört ki Huanchacóban, ami ma már népszerű tengerparti üdülőváros. A fertőzés bizonyára nem állt meg a városfalnál, kiterjedhetett a közeli régiókra is. Az elmúlt években a városi temetőben a régészek több mint 260 gyermek tömegsírjára bukkantak. Sokuknak eltávolították a szívét, ezért a kutatók azt feltételezték, egy 500 évvel ezelőtti szertartás során áldozták fel őket.
A közelmúltban végzett ásatások viszont rábukkantak egy másik temetőre is, ami egy, a spanyol gyarmatosítók által 1535 körül épített templom közelében volt. Itt 120 sírt találtak európai és bennszülött chimu–inka tetemekkel. Az őslakosokat keresztekkel és európai eredetű gyöngyökkel feldíszítve temették el, ez azt bizonyította, hogy sikerült áttéríteni őket a keresztény hitre.
Sokuk azonban himlővel fertőzött volt, a betegséget pedig feltehetően az európai hódítók hozták az őslakosoknak, mert korábban nem fordultak elő ilyen jellegű járványok ezen a vidéken. A himlő főleg az Andok északi partvidékének lakossága körében pusztított, és valószínűleg Francisco Pizarróval érkezett az 1530-as években.
Pizarro 1526 és 1528 között járt először Peru tengerparti vidékein és elámult az inkák gazdagságán. Az első sokkból felocsúdva hazahajózott és gyorsan pénzt és katonákat gründolt, hogy újra visszatérhessen és királyi engedéllyel meghódíthassa a fényűző inka birodalmat. A második expedíción Cajamarca városába érkezett, és elkezdte galádságai sorát.
A bennszülöttek rokonszenvvel fogadták a spanyolokat, elámultak csillogó, fényes páncéljaikon, ezért elnevezték őket a „a nap fiainak”, és mindent elárultak nekik az inka birodalomról.
1532-ben Pizarro 200 fős hadserege a lőfegyverek fölénye miatt szétverte az inkák 80 ezer fős seregét, majd ezt követően Pizarro felajánlotta az inkáknak, hogy nem öli meg uralkodójukat, ha megtöltenek egy szobát arannyal. Az aranytárgyakkal teli helyiséget megkapta, de mégis kivégeztette az uralkodót, Atahualpát, és 180 emberével elfoglalta Cuzcót, az Inka Birodalom fővárosát. Pizarro Peru ura lett, és 1535-ben elkezdte Lima megalapítását.
1620-ra a behurcolt fertőző betegségek a bennszülöttek több mint 70 százalékát kiirtották Peru északi partjain, és a gyengébb immunrendszerű gyerekek szenvedtek a legtöbbet. A Huanchaco temetőben a sírok több mint 67 százaléka csecsemőké és 12 éven aluliaké.
A régészek két, 1 és 2 éves koruk között elhalálozott gyerek csontvázát vizsgálták most, és hihetetlen rendellenességeket találtak. Számos lyukat a vállon, könyökön, csuklón, csípőn, térden, bokaízületen. Nincsenek megbízható adatok a betegségek terjedésére és hatásaira, de a hipotézisek szerint a tünetek megjelenése után néhány hétig himlővel élhettek a gyerekek, és ez elég idő volt ahhoz, hogy a csontok súlyosan megfertőződjenek.
Az elváltozások a himlővírus által okozott csontfertőzés, az osteomyelitis variolosa nyomai.
Ezek a legkorábbi osteomyelitis variolosa esetek Dél-Amerikában, de ezt követően egyre több és több himlős eset, sőt, járvány ütötte fel a fejét.
A csontdeformitás nem minden esetben velejárója a himlőnek, de sokszor megjelenik, és az is valószínű, hogy egy himlőjárvány a lecsengése után is sok évre megváltoztatja a populációkat.