Egyes orvosi jelentések szerint az antibiotikumok már nem sokáig nyújthatnak védelmet a húgyúti fertőzéssel szemben. A kutatók 2000 és 2010 közti adatokat vizsgálva döbbentek rá, hogy drámai növekedés tapasztalható az E. coli baktérium okozta megbetegedések terén. A baktérium a vizsgált esetek nagy részében nem reagált a gyógyszeres kezelésre. A vizsgált időszakból származó 12 millió vizeletminta elemzése kimutatta, hogy az esetek többségében az E. coli baktérium ellenállása több mint ötszörösére – 3-ról 17,1 százalékra – nőtt a ciprofloxacinnal szemben, a trimetropim-szulfametoxazollal szembeni ellenállása pedig 17,9 százalékról 24,2 százalékra emelkedett. Ezt a két komponenst tartalmazzák a húgyúti fertőzésre leggyakrabban felírt antibiotikumok.

Ha a hagyományos gyógyszerek nem használnak, csak az orvosi beavatkozás segíthet, aki jóval erősebb gyógyszereket írhat fel. Ezekkel viszont az a probléma, hogy minél nagyobb dózisban szedik őket, annál kevésbé lesznek hatékonyak, ha pedig ezek sem hatnak, szinte semmi sem segíthet a fertőzés leküzdésében.

Az E. coli baktérium növekvő ellenállóképességét sokan azzal magyarázzák, hogy a kelleténél nagyobb mennyiségben kapnak antibiotikumokat azok a betegek, akiknek nincs bakteriális fertőzésük. Az is bizonyított tény, hogy azokat a gyógyszereket, amelyek a rezisztenciáért felelős anyagokat tartalmazzák, egyre többször használják állattenyésztéshez, ahol az antibiotikumok gyakori összetevőnek számítanak az állati takarmányban. A ciprofloxacin egyike ezeknek az antibiotikumoknak. A kutatók szerint nem véletlen, hogy a húgyúti fertőzések különösen gyakoriak a baromfitelepeken: azt gyanítják, hogy a fertőzés a madarakról terjedhet át az emberekre.