A keresztény erők a kezdeti sikerek után a XII. század végére már defenzívába kényszerültek a Szentföldön, a keresztes királyságok területe egyre csökkent. Ebben a legnagyobb szerepe Szaladinnak, Egyiptom és Szíria szultánjának volt, aki uralma alatt hatalmas területeket egyesített, hadseregreformjai révén pedig félelmetes haderő felett rendelkezett.

A Jeruzsálemi Királyságot eközben trónutódlási viszály is tépázta. Az 1186-ban fiatalon, utód nélkül meghalt V. Balduin trónját végül nagynénje, Szibilla hercegnő oldalán Jeruzsálemi Guido (Guy de Lusignan) szerezte meg, de a belső ellentétek tovább gyengítették a keresztesek erejét.

A Szent Város sorsa valójában nem a falai alatt, hanem 1187. július 4-én, a hattini csatában dőlt el, ahol a keresztesek súlyos vereséget szenvedtek, így Jeruzsálem helyőrsége sem erősítésre, sem felmentésre nem számíthatott, amikor Szaladin hadai szeptember végén megérkeztek.

A védelmet irányító Ibelini Balián helyzete gyorsan tarthatatlanná vált, néhány napi heves harc után gyakorlatilag néhány tucat katonája maradt. Az erőviszonyokat figyelembe véve az is nagy eredmény volt, hogy Balián Szaladinnal a megadásról tárgyalva elérte, hogy a város lakói megválthassák magukat és elkerüljék a rabszolgaságot, sőt a templomokban őrzött szent tárgyak és műkincsek egy részét is magukkal vihessék a szabad elvonulást kapott védők.
Jeruzsálemet végül október 2-án adták át Szaladinnak, aki tartotta magát ígéretéhez, és „pogány” létére nem rendezett tömegmészárlást a városban, ahogy a keresztesek tették a város elfoglalásakor, 1099-ben.

A Szent Várost 1228-ban II. Frigyes a VI. keresztes hadjárat során tárgyalásos úton még visszaszerezte, de amikor aztán 1244-ben a moszlimok újra elfoglalták, már nem voltak ilyen könyörületesek: a lakókat kardélre hányták, a falakat lerombolták.