Évszázadokon át azt gondolták, csak legenda az ősi Heraklion városa, amit Homérosz is említ eposzaiban. A Thonisként is ismert várost csak jóval később találták meg a tenger alatt.

Régészek most a tenger mélyén talált épületeket, szobrokat, eszközöket vizsgálják és ma már kerek képük lett arról, hogyan éltek az ókorban a város lakói. A város központi szerepet játszott a görög városok és Egyiptom közötti kereskedelemben.

Legalább 64 hajót találtak, amelyek agyagból készült edényeket szállítottak. Aranypénzeket és bronzból készült súlyokat is találtak a hajókon, bizonyítva, hogy erős volt a kereskedelem. Egy hatalmas, majdnem öt méter magas szobrot is találtak, emellett több száz apróbb szobrot hoztak a felszínre.

Damian Robinson, az Oxford Egyetem professzora szerint csodálatosan megőrződött a város a tenger mélyén, folyamatosan új területeket kutatnak át, egyre többet megtudva a valaha itt élőkről.

Heraklion az egyik legfontosabb kereskedelmi központ volt a maga idejében, fontos városa volt a késői egyiptomi birodalomnak, ez jelentette az összeköttetést Egyiptom és a görög városállamok között. Jelentős vámot szedtek a hajóktól, az egészet egy központi templomból irányították.

A kutatók még keresik a választ arra, hogy miért süllyedt el a város, de valószínűleg a tengerszint emelkedése állhat a háttérben. Az évszázadok alatt a város emléke lehalványodott, csak ókori szöveges emlékekből következtettek létezésére. Végül egy francia régész, Franck Goddio találta meg a várost, amikor egy 18. században elsüllyedt hajó után kutatott.