Mint köztudott, a Magyar Tudományos Akadémia megalapítása Széchenyi Istvánhoz köthető, aki 1825. november 3-án a pozsonyi országgyűlésen ajánlotta fel birtokainak egyéves jövedelmét egy magyar tudós társaság létrehozására. A gróf adományához más főnemesek is csatlakoztak, így 1827-ben meg is született a Magyar Tudós Társaság, melynek elsődleges célja „a tudományok és szép művészségek honi nyelven míveltessenek”.
Az intézmény végül 1830-ban kezdte meg tényleges működését, első közgyűlését pedig 1831 februárjában tartotta. Ekkoriban azonban a tudós társaságnak még nem volt saját épülete, a munka bérelt helyiségekben zajlott, az üléseket, reprezentatív eseményeket pedig általában a Vármegyeháza dísztermében tartották. Egy székház felépítése folyamatosan napirenden volt, ám a forráshiány, illetve a forradalom és szabadságharc zűrzavara miatt egészen az 1850-es évek végéig nem történt előrelépés az ügyben.
Az áttöréshez egy újabb főnemes, báró Sina Simon kellett, aki 1858-ban bőkezű, 80 ezer forintos adományt tett az ekkor már Magyar Tudományos Akadémia nevet viselő testület székházának felépítésére. Ne feledjük, az ország ekkor még „a Habsburg-abszolutizmus igáját nyögte”, így a magyar tudomány és kultúra ápolása kiemelt fontosságú, egyben igen kényes politikai kérdés is volt. Nem csoda tehát, ha Sina felajánlása nagy port vert fel, a székház létrehozása pedig nemzeti üggyé vált, amely körül országos mozgalom bontakozott ki. A közadakozásból alig két év alatt akkora összeg gyűlt össze, hogy elkezdődhetett a tervezés és az előkészítés. A célra a Lánchíd pesti hídfőjénél sikerült is egy telket szerezni – az ekkoriban Kirakodó térnek nevezett területet ugyan klasszicista paloták szegélyezték, azonban reprezentatív tér helyett inkább piacként funkcionált ekkoriban. Az anyagi feltételek teljesülése mellett az is fontos előrelépésnek számított, hogy az enyhülő politikai hangulatban a hatóságok sem gördítettek akadályokat a terv megvalósulásának útjába.
Joggal érezhetjük úgy, hogy ez a történet eddig szinte túl szép ahhoz, hogy Magyarországon játszódjon. A következő években azért bebizonyosodott, hogy egy ilyen fontos, ráadásul közpénzből készülő épület megvalósítása nem történhet meg heves viták, zavaros pályázati ügyek és némi botrány nélkül.
Az önmagában véve még természetes, hogy az előkészületek híre nagy érdeklődést keltett szerte az országban, és megindult a vita arról is, hogy milyen stílusban is kéne megépíteni a magyar kultúra és tudomány legfontosabb jelképének szánt palotát. A helyzetet bonyolította, hogy ekkoriban kezdett hazánkban is kibontakozni a neoreneszánsz építészeti irányzat, amely Európa sok részén ezekben az években már szinte egyeduralkodónak számított, Magyarországon viszont 1848-1849 az építészet és a városfejlődés terén is megakasztotta a fejlődést. Így aztán a követendő stílus – sőt, a létrehozandó nemzeti stílus – kérdése a közvélemény érdeklődését is felkeltette, az újságok hasábjain is zajló vita érveit sokan figyelemmel kísérték.
Az Akadémia vezetősége 1860 júniusában hazahívta az európai viszonylatban is sikeresnek számító, művészet- és építészettörténeti kutatásaival is sok elismerést begyűjtő tagját, Henszlmann Imrét, hogy vegye kézbe az építkezés előkészítését. Henszlmann lelkesen munkához is látott, őszre részletesen ki is dolgozta, pontosan hány, milyen funkciójú, nagyságú és elrendezésű helyiségnek kell az új épületnek helyt adnia. A középkor nagy rajongójaként Henszlmann azt is leszögezte: a székháznak márpedig neogótikus stílusban kell megépülnie – ezzel viszont a közben felállt Építési Bizottság (amelyet az Akadémia legfőbb vezetői, Desewffy Emil elnök, Eötvös József alelnök és Károlyi György alkottak) nem értett egyet.
Henszlmann mindenesetre elérte, hogy ne nyílt, hanem meghívásos pályázatot hirdessenek meg a terv kiválasztására. Erre aztán Henszlmann mellett a már országos hírnévre szert tevő Ybl Miklóst és az osztrák Heinrich Ferstelt hívták meg. A „főépítész” biztosra próbált menni, írásban – a dokumentum néhány évvel ezelőtt került csak elő, addig csak szóbeli megegyezésről szólt a fáma – megígértette a másik két pályázóval is, hogy neogótikus tervet fognak benyújtani. Ferstel be is tartotta a megállapodást, Ybl azonban nem tudta magát rászánni a számára idegen, „csúcsíves stílus” alkalmazására – azt sem lehet kizárni, hogy a Károlyi család egykori uradalmi építészeként „valahogy” értesült a bizottság véleményéről és úgy gondolta, így jobbak az esélyei.
A zavaros ügyben az újabb fordulatot az hozta, hogy Ybl ugyan benyújtotta határidőre tervét, azonban egy nappal később vissza is vonta. Valószínűleg nem akart nyílt konfliktusba kerülni Henszlmann-nal, akinek azonban így sem teljesült akarata: a két munkát, illetve Szkalnitzky Antal „versenyen kívül” beadott, hellenizáló pályaművét kiállították, díjazták is, a Bizottság azonban nem volt elégedett az eredménnyel.
A stílusvita is tovább zajlott: sokan ellenezték a németnek bélyegzett gótikus irányzatot, ehelyett a magyarság keleti gyökereit jobban hangsúlyozó stílust láttak volna szívesebben, e magyaros irányzat megteremtésére tett kísérletnek tekinthető a szintén ezekben az években felhúzott Vigadó épülete. A Bizottság végül egy meglepő húzással vágta el a gordiuszi csomót, 1861 márciusában két német építészt, Leo von Klenzét és Friedrich August Stülert kérték fel újabb tervek elkészítésére.
Henszlmann szívében még azzal is megforgatták a tőrt, hogy az új pályázókra már nem voltak érvényesek az általa lefektetett program előírásai sem, így a belső térrel is kedvük szerint rendelkezhettek. A Bizottság végül Klenze klasszicista tervével szemben Stüler neoreneszánsz stílusú épületét választotta, az építkezés pedig 1862 tavaszán kezdődött meg. Az új székházban már április 24-én ülést tartott az Akadémia, de az ünnepélyes megnyitóra csak 150 évvel ezelőtt, 1865. december 11-én került sor.
Felmerül a kérdés, hogy mi lett volna ha Ybl nem vonja vissza saját tervét. Könnyen lehet, hogy ma Ybl és nem Stüler palotája állna Budapest szívében, azonban a terveket mai szemmel értékelő építészek véleménye szerint jobb, hogy nem így történt. Ybl ugyanis követte Henszlmann merev előírásait, Stüler viszont szabadon dolgozhatott, az épület pedig így logikusabb, jobban használható belső tereket alkotott. Ybl egyébként így sem maradt ki teljesen a munkából, a Bizottság ugyanis Szkalnitzkyt építésvezetőnek, őt pedig „technikai segédül” kérte fel a kivitelezés ideje alatt, amikor pedig már a használatbavételkor tűzveszélyesnek nyilvánított fa tetőszerkezet 1869-ben leégett, Ybl tervezte meg az új, vasgerendázatú új tetőt.
Az Építési Bizottság, Stüler és Ybl egyébként jól mérte fel a jövő igényeit, az első neoreneszánsz középületnek számító Akadémia stílusa példamutatónak számított a kiegyezés után rohamos fejlődésnek induló városban. Ettől függetlenül a művészeti-politikai viták később sem kerülték el az épületet, a Díszterem kialakítása például húsz évet csúszott amiatt, hogy nem sikerült konszenzusra jutni abban, hogy a falakat díszítő, a magyar művelődéstörténet kiemelkedő eseményeit és személyiségeit bemutató festmények pontosan kiket és milyen történéseket is ábrázoljanak. A Díszterem végül csak 1892-re készült el, de a 20. századra is maradt ellentmondásos esemény: a dunai homlokzatot ékesítő szobrok közül a második világháború után Raffaello alakjának helyére Lomonoszov került – és külön tanulmányt lehetne írni arról is, mikor és hogyan változott az épületnek helyt adó, mai Széchenyi István tér elnevezése az eltelt 150 év alatt, amely időközben viselte Ferenc József, majd Theodore Roosevelt amerikai elnök nevét is.