Dél-Amerikai őslakosainak többsége még a 18. században is kegyetlen elnyomásban élt a gyarmatosítás ideje óta. A központi spanyol kormányzat ugyan 1730-ban eltörölte az úgynevezett encomienda rendszerét (amely gyakorlatilag rabszolgasorban, a spanyol származású uraságoktól személyes függésben tartotta az őslakosokat), az intézkedés kevés javulást hozott. A Perui Alkirályságban az inkák leszármazottainak és a meszticeknek továbbra is a lakosság nagyjából egytizedét kitevő spanyolok teljes alávetettségében kellett dolgozniuk, a rájuk rótt, megfizethetetlen adósságok béklyóiban sínylődve.
Különösen azokat érintette fájdalmasan mindez, akik tisztában voltak az inkák dicső múltjával, mint például az 1738-ban született José Gabriel Condorcanqui. A mesztic családba született Condorcanqui a családi legendák alapján egészen a spanyol konkvisztádorok által 1572-ben kivégzett utolsó inka uralkodóig, Túpac Amaruig vezette vissza származását, ráadásul jezsuita nevelést kapott, így könyvekből is megismerkedhetett népe történetével. Hiába örökölte meg Tungasuca település cacique-i (a spanyolok helytartójaként eljáró törzsfői) címét, Condorcanqui úgy döntött, ideje, hogy az inkák lerázzák a fehérek rabigáját.
Első lépésként 1780. november 4-én Condorcanqui az embereivel egy bál után foglyul ejtette a tartomány kormányzóját, Antonio de Arriagát, akit a környék befolyásos embereit összehívó levelek írására kényszerítettek. Mikor az illetők összegyűltek, az ekkor már őse nevét felvevő, magát II. Túpac Amarunak nyilvánító Condorcanqui őket is foglyul ejtette, majd a kormányzó kivégzését szimbolikus módon annak egyik szolgájára bízta.
A következő cél az ősi főváros, Cuzco elfoglalása volt. Túpac Amaru zászlói alá a környékről nagyjából hatezer indián gyűlt össze, és a felkelők szét is verték az ellenük küldött első spanyol sereget 1780. november 18-án, Sangarará mellett. Ez azonban pürrhoszi győzelemnek bizonyult. A foglyul ejtett katonákat ugyanis Amaru emberei a parancsok ellenére lemészárolták, majd továbbvonulva is féktelenül fosztogattak, legyilkolva minden spanyol származású embert, aki a kezük közé került. Ezek a hírek rettegéssel töltötték el a helyi közigazgatásban fontos szerepet játszó, részben európai származású, de a felkelés ügyével kezdetben szimpatizáló kreolokat, akik így egyértelműen a gyarmatosítók pártjára álltak. A kreolokkal és őslakosokkal megerősített spanyol csapatok megvédték Cuzcót, majd a többi tartomány erőivel kiegészülve körbezárták Amaru seregét. A felkelés vezérét végül két főtisztje játszotta a spanyolok kezére.
Ha arra gondolnánk, hogy a gyarmatosítók a kedélyek lecsendesítésére igyekeztek némi nagylelkűséget mutatni a legyőzött lázadóval szemben, hát alaposan tévednénk. Amarut 235 éve, 1781. május 18-án végezték ki, de halála előtt végig kellett néznie családtagjai – köztük felesége és gyereke –, illetve leghűbb emberei meggyilkolását. Testét ezután ugyanott, ahol állítólagos ősét, I. Túpac Amarut kivégezték, négy lóval tépették darabokra, megcsonkított törzsét máglyán égették el, fejét pikára tűzve állították közszemlére, végtagjait a tartomány városaiba küldték szét. Miután a felkelés még ezután is folytatódott, a spanyolok egy kivételével Amaru többi gyerekét is kivégezték, majd még a hagyományos inka öltözetet, sőt az inka elnevezést is betiltó, kemény elnyomást vezettek be a gyarmaton.
Ha lehet ilyet mondani, Amaru rémes halála nem volt teljesen hiábavaló: inka hagyományokra építő, valamiféle őslakos nacionalizmust megalkotó eszméi hozzájárultak Peru és a környező országok a következő század első felében indított szabadságharcainak sikeréhez, ő maga pedig a későbbi perui állam egyik hőse lett.
Talán kevésbé szívesen vállalná fel ezt az örökséget, de nevét felvette a 20. század végének egyik hírhedt perui gerillacsoportja, a szélsőbaloldali eszméket valló Túpac Amaru Forradalmi Mozgalom is, amelynek legnagyobb port felvert akciója a limai japán nagykövetség 1997-es elfoglalása volt. A gerillák négy hónapig tartották fogságban túszaikat, végül aztán a fegyveres erők megrohamozták az épületet, a túszejtők többségét lelőtték.