A „magyar tenger” történelmünk nagy részében nyugodt területnek számított, és mivel például a Dunával ellentétben nem húzódott rajta jelentős szállítási és közlekedési útvonal, hadihajókat sem volt érdemes telepíteni rá. Egy nem is olyan rövid, bő egy évszázadot kitevő időszakban mégis hadszíntérré vált a tó, a török hódoltság idején három részre szakadt országban ugyanis hosszú ideig a Balaton számított a királyi Magyarország és a törökök közötti határvonalnak.
A végvári harcok egyik jellegzetes vonása volt az ellenfél területének, lakosainak állandó zaklatása, a várak helyőrségéből kiállított, általában kis létszámú csapatok rendszeresen portyáztak az ellenséges fennhatóság alatt álló vidékeken. A foglyok ejtését célzó, zsákmányszerző vagy adószedő rajtaütéseket (a portyák célja elsősorban nem területszerzés, hanem az ellenség erőinek lekötése mellett a foglyokért kapott váltságdíjakkal és az egyéb zsákmányokkal a szűkös, sokszor ki sem utalt zsold kiegészítése volt) a hadszíntér nagy részén természetesen lóháton hajtották végre, ám a Balatonnál más volt a helyzet.
A tó ugyanis lóháton igen nehezen megkerülhető akadályt jelentett a portyázók – elsősorban a déli partot uralmuk alatt tartó és a Balaton-felvidék települései felé igyekvő törökök – számára. Ez ma is így lenne, de a kora újkorban a „kis jégkorszak” néven is emlegetett, nagyobb csapadékmennyiséget és alacsonyabb hőmérsékleteket hozó időszak éghajlati viszonyai között a Balaton kiterjedése nagyjából másfélszerese volt a mainak, a nyílt vízfelületet pedig sok helyen mocsaras, nehezen járható területek vették körül. A helyzet csak télen változott meg: éppen a klímaviszonyok miatt a tavat gyakran hónapokig vastag, összefüggő, jól járható jégtakaró borította, tökéletes utat biztosítva a támadóknak. (A jégtakarón egyébként számos összecsapás is lezajlott, sőt e „senki földjén” került sor több, a végvári küzdelmekre szintén jellemző, sértő üzengetést lezáró párbajra is.)
Tavasztól őszig azonban a hajók jelentették a leggyorsabb és legkényelmesebb lehetőséget arra, hogy a túlpartra jussanak a katonák. Ahogy Végh Ferenc a kérdést feldolgozó tanulmányában leírja („A balatoni hadiflotta a török korban”, Hadtörténeti Közlemények, 2016/1. szám), a törökök már a déli part meghódítása előtt, 1555-ben bevetettek hajókat a Balatonon, ezeket valószínűleg szekéren szállították a vízpartra, hiszen ekkor még kikötőnek alkalmas település felett nem rendelkeztek. Miután Szigetvár elestével a Somogy megyei magyar végvárrendszer összeomlott, a déli part gyorsan török fennhatóság alá került, és a hódítók a meglévő Lak mellett gyorsan két végvárat is emeltek itt: a mai Balatonszemes területén található Bolondvárat, illetve egy másikat az akkor még csak Fok néven ismert Siófoknál. E két erődítmény helyőrségéhez valószínűleg a kezdetektől fogva hajók is tartoztak, válaszul pedig a következő években a túloldalon is megjelentek a hadihajók.
Mivel a hadszíntér jelentősége azért nem indokolta, hogy külön erre a célra „fejlesztett” hajókat vessenek itt be, mindkét fél a Dunán használatos naszádokat (vagy török eredetű szóval sajkákat) vetett be a Balatonon is. Ezek a keskeny, alacsony építésű, gyors járatú, nagyjából 20 méter hosszú és 3 méter széles alkalmatosságok (léteztek még a kevesebb evezőssel elboldoguló, kisebb félsajkák is) a hullámokat ugyan nem bírták túlzottan jól, ám az orrban és a taton elhelyezett ágyúkkal így is támogatni tudták a szárazföldi csapatokat.
Azért ne képzeljünk a lepantói csatához hasonlatos, gigantikus méretű ütközeteket a Balaton vizére: a két oldalnak összesen néhány tucat hajója lehetett, és ezeket is elsősorban a portyázó katonák szállítására használták. Ilyen rajtaütések rendszeresen történtek, 1647-ben például négy sajkával átkelt török katonák Veszprém környékét támadták, 1589-ben öt sajka Tihanyra csapott le, de a magyar végváriak is igyekeztek visszavágni, a forrásokban például egy 1579-es, a foki vásáron történt rajtaütésnek találhatjuk nyomát.
Valószínűleg időnként azért a hajók is összecsaptak egymással, de ezekről az esetekről kevésbé maradtak fenn írásos források. Tudunk arról, hogy valamikor 1625 és 1645 között harcba keveredett egymással egy török és egy magyar sajka – az összecsapásból a törökök kerültek ki győztesen, a magyar hajó kapitánya és 15 katonája elesett, négyen pedig fogságba estek.
A Balatonon zajló küzdelemre aztán a főbb hadszínterek történései tettek pontot. Buda 1686-os visszafoglalása után a keresztény csapatok hamarosan a tó déli partvidékét is visszahódították, a tavon szolgálatot teljesítő hajókat pedig néhány évvel később vagy a Dunára szállították át, vagy átadták az enyészetnek.