A Fővárosi Törvényszék elutasította a Magyarországi Szcientológia Egyház keresetét a Nemzeti Adatvédelmi és Információszabadság Hatóság ellen, amely 2017-ben jogellenes adatkezelés miatt bírságolta meg 20-20 millió forintra az egyházat és a Központi Szervezetet.

A NAIH-nál ketten tetten panaszt még 2017-ben. Az egyik panaszos szcientológus volt, de évek múltán a kilépés mellett döntött. Azt kérte az egyháztól, hogy a róla, életéről, valamint hozzá közel álló személyekről készített dokumentumokat adják ki neki. Az egyház nem teljesítette kérését. Az illető attól tartott, hogy ha szakít a szervezettel, akkor ezeket a rendkívül érzékeny, írásban rögzített információkat vele szemben felhasználhatják.

A rendőrség 2017 októberében a Magyarországi Szcientológia Egyház Vallási Egyesület budapesti központjában és másutt is  házkutatásokat tartott . Mint kiderült: az egyház által auditálásnak nevezett eljárás során, ami leginkább egyfajta gyóntatásnak felel meg, az elhangzottakat gyakran hanggal, videóval rögzítik. Ha valaki belép  a szcientológia elitjének számító Sea Orgba, azaz fontosabb pozícióba jut a szervezeten belül, akkor kötelező kitöltenie egy kézzel írott formanyomtatványt. A válaszait lefordítják angolra, felviszik egy számítógépes programba és a szcientológia nemzetközi internetes magánhálózatán keresztül a kitöltő személy nevéhez kapcsolva feltöltik a szcientológia „egyház” európai és nemzetközi adatrendszerébe. 

Ezekben az aktákban az is szerepelhet, hogy egyházi munkatársnak az élete során hány szexuális kapcsolata volt, ahogy az is, hogyan hívták a partnereit. Megtudhatják, volt-e homoszexuális kapcsolata, és ha igen, név szerint kivel. A szervezet nemcsak saját munkatársairól gyűjthet be így érzékeny adatokat, hanem közvetve olyanokról is, akiknek semmi közük a szcientológiához.

A NAIH 2017. október 13-i határozatában megállapította, hogy az Egyház és a Központi Szervezet jogellenes adatkezelést folytat, mert megszegték az előzetes tájékoztatási kötelezettségüket, a célhoz kötött adatkezelés elvét, a tisztességes adatkezelés elvét, az adatbiztonság követelményeit és jogalap nélküli adatkezelést végeztek.

A határozat ellen az egyház keresetet indított. A Fővárosi Törvényszék március 22-én hozott ítéletében elutasította a szcientológusok keresetét.  A bíróság egyetértett a hatósággal abban, hogy a személyes adatokat tartalmazó dossziék strukturált adatállománynak minősülnek, ezért azokat a hatóság vizsgálhatta. A bíróság kimondta, hogy a vallási szervezeteknek is  tiszteletben kell tartani a személyes adatok védelmével kapcsolatos uniós és hazai jogi szabályokat. 

A Szcientológia Egyház nem ért egyet a Fővárosi törvényszék ítéletével és Bánáti János ügyvéd, az egyház egyik jogi képviselője jogorvoslatért fordul a felsőbb bíróságokhoz. Az egyház közleménye szerint magyar és európai szakértő jogászokból álló csapat dolgozott az ügyön, több száz oldalnyi jogi érvelést és bizonyítékot adtak be, amelyek bemutatták a NAIH részéről történt eljárási hibákat és jogsértéseket. Más európai országokban - például Svédországban - az egyház a magyarországival megegyező adatvédelmi gyakorlatát a hatóságok már vizsgálták, és rendben találták, olvasható közleményükben.  

Miklovicz Attila, az egyház szóvivője azt mondta: dokumentumokkal alaposan alátámasztottan bemutatták, hogy a NAIH megpróbál beavatkozni magyar állampolgárok vallásgyakorlásába ugyanúgy, mintha egy katolikusnak azt mondaná, hogy nem térdelhet le a szertartás közben. Az egész eljárás alatt a NAIH egyetlen olyan embert sem tudott bemutatni, aki tényleges hátrányt szenvedett volna az egyház adatkezelése miatt.