Szájer József a Fidesz egyik legismertebb, legsikeresebb politikusa. 1988-ban részt vett a Fidesz megalapításában. Ez idő tájt az ELTE Állam- és Jogtudományi Karának Római jogi tanszékén tanársegéd, majd 90-től adjunktus volt.
1989–1990-ben részt vett az Ellenzéki Kerekasztal munkájában, majd 1990-től egészen 2004-ig országgyűlési képviselő. Számos fontos politikai tisztséget töltött be ez idő alatt, egyebek mellett 1990 és 1993 között az Alkotmány- és Igazságügyi Bizottság tagja, 1992 és 1994 között az Európai Integrációs Bizottság alelnöke, 1993-tól a Külügyi Bizottság tagja,
1994 és 2002 között a Fidesz Parlamenti Képviselőcsoport frakcióvezetője, 1998 és 2002 között az Európai Integrációs Bizottság elnöke, 2002-től 2004-ig a Magyar Országgyűlés alelnöke volt.
Nemzetközi területen is igen aktív:
1993-tól 2000-ig az Európai Liberális és Demokrata Párt Tanácsának tagja, 1993 és 2003 között a Magyar Atlanti Tanács alelnöke, 2001-től a Magyar Új Atlanti Kezdeményezés alelnöke. A Konvent az Európai Unió jövőjéről testület tagjaként aktív szerepet vállalt az Európai Alkotmány tervezetének előkészítésében (2002–2003). 2003–2004-ben az Európai Parlament megfigyelő tagja volt.
2004-től az Európai Parlament képviselőjévé választották, 2004 és 2009 között az Európai Néppárt és a Európai Demokraták Képviselőcsoportjának alelnöke volt. 2009-től az Európai Néppárt jogalkotásért felelős alelnöke.
Tagja volt az Európai Néppárt Tanácsának is 2000 és 2011 között. 2003 és 2009 között az Európai Néppárt és Európai Demokraták Képviselőcsoport Magyar Delegációjának vezetője. 2009 és 2011 között az Európai Néppárt Képviselőcsoport Magyar Delegációjának elnöke.
2011-ben az Alkotmányszövegező Bizottság elnöke volt, erről azt nyilatkozta,
az új alkotmány az ő iPadjén íródik,
ami végül az Alaptörvény címet kapta.
2012. január 1-jén, felesége, Handó Tünde OBH elnöki megbízatása okán lemondott a Fideszben betöltött valamennyi pártfunkciójáról.
2020. november 29-én „lelki terhekre” hivatkozva december 31-i hatállyal lemondott mandátumáról.
Döntésem egy hosszabb ideje tartó gondolkodás végére tesz pontot. A lemondás nincs összefüggésben az európai színtéren most zajló, minden eddiginél ádázabb küzdelem tartalmával. A mostani vitában egyetértek a magyar kormány álláspontjával, azt támogatom. Egy ideje a napi politikai küzdelemben való részvétel egyre nagyobb lelki megterhelést jelent számomra, márpedig akik a küzdőtéren vannak, azoknak harcra kész állapotban kell lenniük. Harminc éve szolgálom Magyarországot hivatásos politikusként. Ennek túlnyomó részében az európai terepen dolgoztam. Feladataimat igyekeztem lelkiismeretesen ellátni, a magyar emberek, a választóim érdekeit képviselni.
– írta a lemondásáról szóló közleményében.
A belga sajtóban két nappal a lemondás után megjelent hírek szerint Szájer József EP-képviselő részt vett egy illegális orgián Brüsszelben, ahol a belga sajtó szerint 25 férfit vettek őrizetbe.
Az azonos neműek élettársi kapcsolatának elismeréséről szóló 1996-os parlamenti vitában a Fidesz vezérszónokaként támogatta a baloldali-liberális kormány egyenjogúsító tervezetét.
2001-ben Szájer József azt nyilatkozta, hogy a Fideszhez mindig is közel állt az emberi jogok védelme – mondta ezt a melegek képviseletét is felvállaló Habeas Corpus szervezetnek válaszul, amikor Tarlós István akkori kerületi polgármester a Sziget Fesztivál melegsátrát bírálta.
Tavaly májusban a 168 óra kérdezte meg tőle, hogy a tízparancsolat betartása magánügy-e.
Nem, természetesen nem magánügy, de csak az egyénre vonatkozik, nem testületekre. A hívő emberek saját magukra vonatkozó álláspontja, amely összeáll az egyházra vonatkozóan is. Az állam nem alanya az erkölcsi és vallási dolgoknak. Az állam nem hívő. Az állam nem hisz Istenben, nem vezetője a római pápa, tehát ez egyéni döntés.
Abban, hogy a magyar állam meghirdetett politikája a keresztény Európa védelmezése, Szájer József nem látott ellentmondást.
(Borítókép: Szájer József 2004-ben – THIERRY MONASSE / AFP)