Az arab országok és Izrael közt vívott hatnapos háború Izrael győzelmével ért véget június 10-én, két nappal később a magyar kormány bejelentette, megszakítja diplomáciai kapcsolatait Izraellel. Erről előzetesen a Szovjetunióval egyeztetett, a Varsói Szerződés hozta meg a határozatot. A döntés meghozatala után hangszórós autók járták Moszkva utcáit, hogy a hírt közöljék a lakosokkal, idézi fel a történteket a Hetek című lap.

Magyarország 1948 májusában ismerte el Izrael Államot és létesített vele követi szintű diplomáciai kapcsolatokat, a minisztertanács úgy döntött, hogy „hozzájárulását adja a független zsidó állam elismeréséhez”. A magyar álláspontot befolyásolta, hogy az ENSZ Közgyűlésének szavazásán Szovjetunió Palesztina felosztása mellett szavazott, amivel Izrael megalakulását támogatta. Ennek az volt az egyszerű oka, hogy a britek a térség legerősebb európai hatalmaként arabpárti politikát folytattak, így Szovjetunió Izrael mellett szavazott.

Az ötvenes évek elejétől nyilvánvalóvá vált a Szovjetunió számára, hogy Izrael Nyugat-barát politikát folytat, így Izrael helyett az arab országok támogatása mellett döntött. Az 1956-os szuezi válságban ez már jól látszik a szovjet-egyiptomi kapcsolatokban.

A Magyarország és Izrael közti viszony csak 1959-ben kezdett javulni, mikor a New York-i ENSZ-közgyűlésen Golda Meir és Sík Gyula külügyminiszterek leültek tárgyalni, bár Magyarország még mindig nem folytathat a Szovjetuniótól független külpolitikát.

A diplomáciai és kereskedelmi kapcsolatok erősödése csak 1967-ig tartott, a hatnapos háború veresége miatti presztízsveszteségen a Szovjetunió csak politikai lépésekkel tudott javítani. Egyes történészek szerint a konfliktus hátterében Szovjetunió állt, Brezsnyev utasítására hangolták össze az arab országok haderőinek mozgását. A szovjetek célja az lehetett, hogy visszakényszerítsék Izraelt az ENSZ által 1948-ban kijelölt határokhoz. A szovjet vezetés ezért döntött úgy, hogy az izraeli agresszióra hivatkozva megszakítja a diplomáciai kapcsolatokat, ezzel ugyanis ki tudták fejezni a konfliktusban érintett országok irányába a szolidaritásukat is.

"Felhívtak a Külügyminisztériumba Beck István osztályvezetőhöz, aki szóbeli jegyzéket adott át az izraeli kormány részére, melynek a lényege az volt, hogy ha az izraeli kormány nem szünteti meg a Szíria elleni hadjáratot, akkor az a veszély áll fenn, hogy Magyarország megszünteti a diplomáciai kapcsolatait Izraellel. Másnapra kérték a választ – emlékezett vissza David Giladi újságíró, az akkori izraeli nagykövetség élén álló ügyvivő. – Egy héttel a hadjárat elindulása után Beck István újra felhívott, hogy sajnálattal közli: a magyar kormány elhatározta, hogy megszünteti a diplomáciai kapcsolatait Izraellel."

1987-re Gorbacsov irányváltása hagyott Magyarországnak mozgásteret, így a svéd diplomácián keresztül megkeresték Izraelt, amely nyitott volt a kapcsolatok újrafelvételére. Az első magyar-izraeli találkozót Svédország bécsi nagykövetségének könyvtárában tartották, ez azonban még titkos volt. Magyarország és Izrael végül 1987. szeptember 17-én állapodott meg érdekképviseletek felállításáról, amelyek 1988. március 14-én nyíltak meg Budapesten és Tel-Avivban.

„A magyar-izraeli kapcsolatok kiválóak. Húsz évvel ezelőtt, 1988. március 14-én nyílt meg ismét Tel-Aviban a magyar, s Budapesten az izraeli diplomáciai képviselet. A jelentős veszteséget, amelyet a diplomáciai kapcsolatok 1967-es megszakítása okozott, 1988 óta közös erőfeszítéssel minden területen kiegyenlítettük. Kapcsolataink mai intenzitása európai partnereinkhez fogható” – mondta Sólyom László köztársasági elnök 2008. március 3-án a Knesszetben elhangzott beszédében.