1984. június 18-án ismét elkezdték a székesfehérvári királysír feltárását, kiemelt figyelmet szentelve az ott nyugvók földi maradványainak, illetve azok azonosításának.

A székesfehérvári királyi bazilikát még Szent István alapította, holttestét ide temették, és rajta kívül még 14 királyt helyeztek végső nyugalomra a háromhajós templom falain belül, köztük Károly Róbertet, Nagy Lajost és Hunyadi Mátyást is. 1543-ban a törökök elfoglalták Székesfehérvárt, a templomot kifosztották, és a sírokat, síremlékeket tönkretették. A templom kőanyagát az idő múlásával kitermelték, és a templom szó szoros értelemben eltűnt a föld színéről.

1848-ban egy feltárás alkalmával véletlenül bukkantak rá III. Béla és felesége feltételezett holttestére egy érintetlen sírkamrában, ezen fellelkesülve folytatták a kutatásokat, de csak feldúlt, kifosztott sírokat találtak.

1936-37-ben a Lux Kálmán által vezetett ásatások célja az épületromok Romkertté alakítása volt, de közben reménykedtek, hogy találnak még érintetlen királysírt. Több mint 122 sírt tártak fel, melyekben nyugvóknak azonban már megbolygatták a végső nyugalmát. Végül egy kormánydöntés értelmében eltemették a maradványokat egy erre a célra kialakított kriptában, miközben feltételezték, hogy az itt elhelyezett maradványok közt több király csontváza is megtalálható. A feltárt holttestekről, csontokról nem készült semmilyen tanulmány.

Többek közt ezt a kriptát nyitotta meg ismét 1984-ben az ebből a célból alakult munkaközösség. Több mint 900 csontvázat találtak a XI.-XVI. századból, a mellékhajókból és a falakon kívülről egyaránt. Ebben a korban, úgymond, népszerű temetkezőhely volt a székesfehérvári királyi bazilika: néhol a sírok, holttestek öt egymáson fekvő rétegben helyezkedtek el. Tárgyakat alig találtak a feltárás alkalmával.

A helyszínen a csontok lemosása és szétválogatása tíz napig tartott. Éry Kinga, a kutatás egyik szakembere szerint a helyzet koránt sem volt olyan vészes, mint amennyire a korabeli sajtó lefestette, a ládákon, melyekbe a csontokat helyezték, szerepelt sorszám és a tartalmukról is voltak feljegyzések.

Komoly meglepetésben volt viszont részük, miután Budapestre szállították a csontokat, és azokat komoly vizsgálatoknak vetették alá. Az itt eltemetett felnőttek 71 százaléka férfi volt, ez a szám a falakon belül 94 százalékra emelkedett, ami példa nélküli az adott korból – írta Éry Kinga a Rubicon történelmi magazinban. Ebből a szakemberek azt a következtetést vonták le, hogy különleges jogosultság kellett az ide való temetkezéshez, ami főleg jeles férfiaknak adatott meg.

Szintén szokatlan felfedezés, hogy az itt eltemetett férfiak átlagmagassága 3, a nőké 1,5 cm-rel haladja meg az akkori átlagmagasságot. Ez talán az idegen eredetű kiszolgáló-személyzet és őrség jelenlétére utal, akiket szintén itt temethettek el.

A csontokat megvizsgálva sok erőszakos halált és betegséget állapítottak meg: gyakori volt a koponyákon a törés és a kardvágás, illetve sok csonton találtak leprára, a tbc-re és szifiliszre utaló nyomokat, akárcsak a többi hasonló korú temetőben.

Épített sírban hét férfit, egy nőt és két gyermeket találtak, akik közül kettőt, mint lehetséges királyt azonosítottak.

Az egyik egy 54-58 évesen elhunyt férfi, aki talán Károly Róbert lehet, de ennek a feltevésnek ellentmondani látszik az, hogy az arcrekonstrukció nem egyezik a korabeli Képes Krónikában található ábrázolással.

A másik férfi egy 43-47 évesen elhunyt ember, talán Albert király, itt az arcrekonstrukció megegyezik a korabeli ábrázolásokkal, azonban ez nem elég bizonyítéknak. DNS-vizsgálatnak tervezik alávetni a maradványokat, ugyanis ismert tény, hogy Albert fia, V. László a prágai Szent Vid-székesegyházban nyugszik.

Napjainkban, szintén kormányzati döntés értelmében, a maradványokat egy földalatti kriptában, rozsdamentes acélládákban őrzik.

Az évekig tartó kutatásokról 2008-ban könyv jelent meg a Balassi Kiadó gondozásában, A székesfehérvári királyi bazilika embertani leletei, 1848-2002 címmel.