A tihanyi bencés apátságot 1055-ben alapította I. András király. A negyedik magyar uralkodó a saját és családja temetkezési helyének szánt monostort meglepő mód arról a gall származású Szent Ányos püspökről neveztette el, aki a legenda szerint imádságainak köszönhetően megmentette Orléans városát a hunok támadásától. Bár Attila szittya népének szellemi és kulturális öröksége a folyamatos pogánylázadások miatt még András idejében is „aktív” volt a Kárpát-medencé­ben, a patrónus nevét valószínűleg a vallon egyház egyre jelentősebb befolyása miatt választhatta ki az Árpád-házi uralkodó.

A monostorépítőt az általa építtetett szakrális tér altemplomában helyezték végső nyugalomra, amely tényt több később keltezett középkori oklevél is megerősített. Ilyen többek között II. András 1211. május 29. után kelt, a tihanyi bencések kiváltságairól és birtokairól szóló dokumentuma, illetve a legrégebbi magyar nyelvű híradás, Heltai Gáspár krónikája is:

És a szegény és köszvénes király a futásban fogva esek, és igen gonoszul tárták ötét a fogságban, és mindjárást meghala. És elvivék ötét a Ticzonia kalastromba a Balaton-víz mellé, és eltemetek ott ötét a monostorban, mellyel ö maga csináltatott vala Szent Anianus nevébe.

Ebben a háromhajós, balatoni vörös homokkőből kifaragott, zömök román stílusú oszlopokkal keretezett kriptában temették el I. András másodszülött fiát, az 

Az Árpád-házi király sírjának tisztelete a török hódoltság korában szűnt meg, amikor is a balatoni végvárrendszer kiépítése miatt 1534-ben kicsiny, de nem lényegtelen erőddé alakították át a félszigeten elterülő monostort. A pápista bencéseket protestáns katonák váltották fel, akik a helyszűke miatt a szentélyben szénát és szalmát, a főhajóban pedig lovakat tartottak. Valószínűleg ekkor pusztulhatott el az a gótikus, nagyon díszes kialakítású vörösmárványból készült tumba is, amelyet Veit Marchthaler német útleíró 1588-ban Ulmban megjelent beszámolója szerint a díszes királysír látható építménye volt. 

A királyi temetkezőhely szerencsésen túlélte a török időket. Amikor 1702-ben a szerzetesek visszatelepültek egykori klastromukba, akkor csak ebben a kriptában tudtak istentiszteletet tartani, a felszíni épületek közül két apró cella maradt hasznavehető állapotban. A hívők nyomására Grasso Villebald apát 1719-es beiktatása után döntötte el, hogy a kősziklába vésett, azaz biztos alapokkal rendelkező királysír fölé kéttornyú, barokk stílusú templomot fog felépíteni. Bár a befejezés előtt álló templomépítkezést az 1736. december 26-án kiütött tűz félbeszakította, ám a munkálatokat már utóda, Lécs Ágoston apát tovább folytatta, aki a templomot megnagyobbított, jelenlegi méreteiben elkészíttette.

A templom hajója alatt kettős kereszt alaprajzú kriptát építtettek a szerzetesek leendő temetkezési helyüknek. Építkezéseiről építészeti adatokkal nem rendelkezünk, csupán annyit tudunk, hogy az altemplomnak nevezett XI. századi kriptát már Grasso apát építkezései valamilyen formában érintették. A magyar műemlékvédelem egykori apostola, Rómer Flóris régész-akadémikus 1861-ben így írt az általa vezetett ásatásokról:

Mikor Grasso Villebald apát a XVIII. század elején a mai templomot a réginek helyén építeni kezdte, a régi templomból megmaradt altemplomban több sírra akadtak, és az is bizonyos, hogy a fölfedezett sírokat avatatlan kezek megbolygatták. Egy czinkoporsót ki is emeltek az altemplom talajából.

Rómer Flóris feljegyzéseiből és feltárási rajzaiból tudjuk azt is, hogy az altemplom nyugati falában ekkor egy olyan üres fedlapú sírkő is látható volt, amely nagyobb méreteinél fogva nem lehetett azonos a jelenlegi, a kripta közepén kialakított, vízszintesen kiállított, csavart szárú apostoli keresztet ábrázoló fedlappal. 

Annak ellenére, hogy járószintbe beépített úgynevezett processionalis vagy körmeneti kereszttel (Vortragkreuz) díszített sírkőt már a reformkor idején I. András sírjának tartották, sok szakértő még ma is úgy gondolja, hogy ez a sztélé inkább valamelyik egyházi méltóság végső nyughelyét védhette, ami lehetett akár Dávid hercegé is.

A régész beszámolóiból tudjuk azt is, hogy a bencések további temetkezéseik miatt 1720 környékén teljesen felásták a kriptát, a déli mellékhajóban ekkor megtalált, vörös színű kőlapokkal közrefogott sírgödörbe összehordták az altemplom többi területén kiásott csontokat. A szerzetesrend új templomának megépüléséig ide egy apátot és egy végvári vitéz holttestét helyezték el.

Ezt a csontkamrát 1889-ben bontotta ki ismét Erdélyi László Gyula művelődéstörténész és Récsey Viktor szerzetes-könyvtáros-régész, akik nemcsak a két újkori temetkezés tölgyfakoporsó-maradványait találták meg, hanem azt a „fejedelmileg elkülönített”, sírládába elrejtett, erősen porladozó, ősi, szinte már elfeketedett emberi maradványt is, mely szerintük I. András királyé lehetett. A feltárással egy időben nagyszabású rekonstrukciót is elvégeztettek ekkor a bencések, aminek terveit Czigler Győző budapesti építész jegyzett. 

Ekkor kaptak téglaköpenyezést a boltozatok, és díszes ornamentikát az oszlopfők. A csavart apostoli keresztet ábrázoló sírkövet a két első oszlop vonalának megfelelő jobb oldali faltér közepébe falazták be, s erről a felirat nélküli kőlapról kezdték el azt terjeszteni, hogy a néhai uralkodó teste felett pihent. 

Az újabb feltárást 1953-ban rendelte el az Országos Műemléki Felügyelőség, amely kikötötte, hogy az Entz Géza, Csemegi József és Szakál Ernő vezette fakutatás és statikai felmérés után verjék le Lotz Károly XIX. századi freskóit, és lehetőség szerint állítsák vissza a XI. századi állapotokat. A szakemberek így is tettek. 

A csavart szárú apostoli kereszttel dekorált finomszemcsés fehéres színű sírkövet ekkor helyezték királysírnak megfelelően a főhajó közepére egy téglakeretbe foglalva, noha tudjuk, hogy valójában semmi sem utal arra, hogy ez a fedlap lett volna I. András sírja. Inkább egyházi nagyságot rejthetett ez a sztélé.

A régészeti kutatás László Gyula irányításával indult el és Nagy Emese ásatásával fejeződött be. A munka idő és pénz hiányában meglehetősen kapkodva folyt, az ásatási napló is szűkszavúra sikeredett. A kripta északi és középső hajójában hat csontvázas sírt tártak fel, amelyek azonban újkorinak bizonyultak. A déli mellékhajó végében ismét megtalálták a sziklába faragott és kőlapokkal kirakott és fedett, másodlagosan megkisebbített koporsót, amelyben ott volt a többi csonttól patinásodásban erősen eltérő koponya és egy hosszú csontnak a töredéke. Ezt még a múlt század végi restauráláskor tették e helyre, mert az üreg nem telt meg földdel. 

A régészek így csak annyit tehettek, hogy az új csontkamrába három faládába elhelyezték a leleteket, külön ügyelve arra, hogy elválasszák egymástól a XVIII. századi csontokat és az ősi csontokat. Bár hiányosságai ellenére ez a régészeti feltárás sikeresnek számított, döntő bizonyíték hiányában nem tudták megállapítani, hogy melyik csont I. András király és Dávid hercegé.

A technika rohamos fejlődésével tavaly döntötte el a bencésekkel karöltve az Eötvös Loránd Kutatási Hálózat, hogy egy interdiszciplináris kutatási program keretében újra és alaposabban megvizsgálnák az altemplomot és a sírt, illetve felülvizsgálnák a szakmában nagy tiszteletnek és elismerésnek számító 1953-as műemléki helyreállítást. A közös elhatározásnak megfelelően idén április 30-án ismét felnyitották a sírt, és megtalálták a 68 évvel ezelőtt három nagyon rossz állapotú faládát, amelyek felszedésükkor megsemmisültek. Két doboz valóban újkori temetkezéshez tartozó emberi maradványok voltak, ám a külön kezelt középső ládában megtalált csontok szemmel láthatóan is sokkal régebbi keletkezésűek voltak.

Dr. Mende Balázs Gusztáv paleoantropológus irányítása mellett a régebbi csontok szénizotópos vizsgálatát a debreceni ATOMKI, valamint  két külföldi (Mannheim és Poznan) laboratóriumban végezték el. 

Bár a DNS vizsgálatok még mindig tartanak, az eddigi radiokarbonos eredmények, valamint a Bölcsészettudományi Kutatóközpont Archeogenomikai Intézet anatómiai és antropológiai kutatásai során megtalált morfológiai jegyek szerint van olyan fosszília a leletben, amely 1060-ban került a földbe, és külső elváltozásai egyértelműen a húgysav okozta köszvényre utalnak. Dr. Mende Balázs paleoantropológus és Barkó Ágoston plébániai kormányzó, a Bencés Apátsági Múzeum igazgatója szerint ennek tükrében nyugodtan kijelenthető, hogy megtalálták a tihanyi Királykripta első temetkezéséhez tartozó csontokat, amelyek I. András király, Dávid herceg és családtagjainak maradványai. 

Frissítés: Korábbi információnkkal ellentétben a régészek és az antropológusok semmiféle köszvényes nyomot nem találtak a XI. századi csontmaradványokon, főleg azokon nem, amelyeket bevontak a radiokarbon vizsgálatokba. Dr. Mende Balázs Gusztáv projektvezető tájékoztatása szerint nem is nagyon találhattak volna erre vonatkozó nyomokat, hiszen ez az elváltozás elsődlegesen a láb- és a kéz kisízületeiben szokott megjelenni, ám ezek az apróbb csontok nincsenek meg. A köszvényes király megnevezés Bonfini korában kerülhetett bele a krónikákba. A 2. számú láda is tartalmazott újkori csontokat. Ezek a csontok 1953-ban kerültek a dobozba, de e leleteket korábban is külön kezelték. A 2. láda csontjai nem voltak szemmel láthatóan korábbi keletkezésűek, csak éppen más környezetből kerültek elő és a többségük be volt kenve (a mikrokörnyezeti hatások jelentősebbek mint az abszolút időfaktor). A radiokarbon adatok nem adtak lehetőséget annak a kijelentésére, hogy 1060-ban került a földbe egy maradvány (illetve az elhunyt), csak egy tól-ig jelleggel, a pontos adat a történeti forrásadatokból következett.