A Pentagon vizsgálóbiztosa 363 kifogást emelt a több százmilliárd dolláros költségvetés ellenére egyelőre vegyes sikereket arató gép elhúzódó tervezése és akadozó gyártása kapcsán. A jelentés szerint a gép gyártója, a Lockheed Martin, illetve a kisebb alvállalkozók nem dolgoztak ki olyan minőségbiztosítási rendszert és eljárásokat, amik biztosították volna, hogy a munkák szigorú rendben folyjanak. Ezek a hibák rontották a gépek teljesítményét, megbízhatóságát, karbantarthatóságát, és úgy általában a projekt költségeinek emelkedéséhez vezettek. A vizsgálat szerint az, ahogy például a gép szoftvereit kezelték, egyenesen biztonsági résként is szolgálhatnak.

Korábbi független vizsgálatok szerint ugyan a fejlesztés a tervek szerint halad, a mostani ellenőrzés eredménye azonban az, hogy a projekt költségvetése könnyen összeomolhat. Ennek egyik oka, hogy az F–35-ös első tervei túl optimisták voltak, azonban a felmerülő problémák kiküszöbölésére alkotott megoldásokat nem ellenőrizték megfelelően, a Lockheed Martin nem figyelt oda a beszállítók változtatásaira, a legtöbb ilyet pusztán számítógépes modellek alapján fogadták el.

Az F–35 mögött álló projektiroda a jelentést átfogónak és hasznosnak ítélte, ugyanakkor igyekezett kisebbíteni a jelentőségét. Reagálásukban kiemelték, hogy a megemlített hibák nagy részét már korábban észrevették, és a jelentés szerintük semmilyen olyan, eddig ismeretlen komoly hibával nem állt elő, ami veszélyeztetné a folytatás biztonságát. Szerintük a legfontosabb 343 hiba közül 269-et már kijavítottak, és a maradék 74 esetében is dolgoznak már a megoldáson.

Az F–35-ös nem egyszerű repülőgép, a tervek szerint a típus az amerikai légierőnél, a tengerészetnél és a tengerészgyalogságnál is rendszerbe áll majd, a gyártás mögött álló, nyolc ország cégeiből összeálló konzorcium az USA hadtörténetének legkomolyabb költségvetését, 395,7 milliárd dollárt költött el.